平津陷落后，北京大学奉国民党政府教育部命，南迁到长沙，与清华大学、南开大学合组新校，定名为长沙临时大学。1938年4月，临时大学由长沙迁到昆明后，即正式更名为国立西南联合大学。
自1937年9月起，日军把北大红楼及周边建筑作为驻兵之地。
1938年11月后，日本宪兵队司令部、北京宪兵本部、北京宪兵分队同时驻扎红楼办公。
在进入红楼后，从东侧的台阶下去，是一条甬道，两边均是单间房。靠西头的两排约14间，是拘留人的囚室；往东是刑讯室，即敌人对犯人灌凉水和拷打的地方。
宪兵队审讯时，无不用刑求者，有扑责，有批颊，有拶指，有水淋口鼻，有灌水。灌水引犯至浴室中，强饮满腹，以足蹴之，水从耳鼻口中激射而出，最为惨苦，往往有至死者。闻尚有重刑逾于灌水者，又闻有电机磨人毫发齿骨血肉肌肤皆成液质，不识确否。然入宪兵队后而无下落者，往往有之，大约用刑分队尤严，往往中夜闻被刑者哀呼凄厉，使人心胆俱碎。