《天工开物》出版被推迟了。至1770年，菅生堂从木村孔恭得到杨本抄本，又请江田益英校订后，再将书稿送到都贺庭钟处征求意见时，他对此很满意，认为“大改旧观”，遂迅即授梓，次年出版。从文字内容看，菅本以涂本为底本，以杨本对校，作三册或九册线装。菅本的出版使《天工开物》拥有更多的日本读者，加速此书在江户时代学术界中的传播。菅本的历史作用同样不小。但它在翻刻过程中也不可避免地出现一些错字或漏字，例如将匀误作句，朱砂误为米砂，“必失《禹贡》初旨”误为“必贡初旨”，漏掉“失禹”二字，等等。菅本后来在文政十三年（1830）重印，重印本没有什么变化，只在书后开列出年月及书林的名字：“文政十三年庚寅季六月，皇都（京都）出云寺丈二郎、东都（江户，今东京）须原屋茂兵卫、冈田屋嘉七、须原屋伊八、摄都（大阪）孰贺屋七为、大野木市五郎、秋田屋源兵卫。”这个再版的刊本所载出版厂家与明和八年所载书林不同，但书的内容则一致。文政再印本多装成九册。