1、从酵素产地来区分：好的酵素必然需要好的原料，未使用过农药和化肥的土壤是酵素原料产地的最佳选择，所以一般好的酵素产自日本与台湾。台湾受日本影响，酵素风行了几十年，台湾酵素在台湾也有相当多年的制造与食用历史，众所周知，台湾是蔬果之乡，其得天独厚的地理环境为酵素生产提供了十分优质的原料,原物料从种类及品质上优于日本。 第二，台湾酵素原物料中融入了传统中医养生理念，中和了水果蔬菜的寒性，所以台湾酵素性质比日本酵素温和。第三，目前台湾酵素中涉及的菌技术也大大优于日本。
2、从酵素功能来区分：好的酵素一般为复合酵素，具有多重功效,而差的酵素很可能是单一酵素，难以对人体形成较完整的养生作用。
3、从提取途径来区分：目前市面上的优质酵素均是从纳豆、植物、蔬菜、水果中提取得到的天然酵素，这种复合型蔬果酵素，其营养成分及酵素种类较多且完整。而差的酵素所提取的原料并没有那么全，或许就从很有限的集中果蔬中提取，自然其营养成分也比较有限。
4、从发酵工艺来区分：优质酵素需要在恒温条件下,保证6—7个月的发酵成熟期。更优质的酵素采用酵母菌和乳酸菌二级发酵完成以后，再用了6个月的时间进行发酵。而差的酵素发酵时间短则只有2-3个月，发酵的环境没有保证，无法保持酵素活性，其作用也会大打折扣。
5、从产品外观来区分：优质酵素来自纯天然，不含任何防腐剂、添加剂等，所以优质的液体酵素会有少许沉淀，酵素液颜色深，黏稠度高。
6、从保留养分的角度区分：原汁型酵素能够保留更多的养分。久司博士认为，有许多对人体有用的养分是存在于植物的壳、皮和籽中，比如，谷物中95%的营养成分在存在于米糠中，因此脱壳去皮弃籽的发酵工艺是不科学的。因为水对这些物质中养分的萃取率是较低的，保留更多养分的酵素应该是原汁型。
