作为一名力主改革的官员，争议始终环绕罗崇敏，因有多项改革措施没有汇报，他曾被省委书记谈话3次。罗崇敏也有他的难处，“如果凡事都要等省领导开口，还要我这个厅长干什么？再说左请示右汇报，左开会右讨论，改革很可能改不成了。” 第一次是因为取消全省中考。书记接到匿名举报，把罗崇敏叫去，劈头盖脸就质问：“取消全省中考，这么重要的事情你为什么不汇报，不能你这个厅长说取消就取消了。” 罗崇敏不卑不亢：“不是我取消的。教育部1996年就发了文，就是没有省执行，那我来执行一下，这是教育管理，不是什么大事。书记，我会做好的。”任上，罗崇敏推动了许多旨在改变云南教育落后面貌的改革。对下，把减负作为教育系统廉政建设的重要工作来抓，就地免职了多名阳奉阴违的校长；吸引民间资本发展教育事业，给他们“国民待遇”。对内，55岁以上处级干部全部卸任，全厅处级、副处级干部公开竞聘；省属10个院校的党委书记、校长职位向社会公开选拔……这些事项，省领导大都是“事后知晓”。第二次因为减负。有人写信将其告到省委书记处。书记语重心长：“人家反映了，你减负撤了那么多的校长，云南教育已经落后了，再减负就更落后了。” 罗崇敏说：“书记啊，你相信我，让我来当教育厅长，我绝对对你负责，绝不会做有悖于省委省政府、有悖于你指示的事情。哪怕你今天把我这个厅长免了，我还是要减负。” 第三次，参加全国“两会”，罗崇敏提前在报纸上向全国征集教育改革提案，再次被书记责问：“你是云南省代表，怎么到全国去征集呢？” 罗崇敏反驳：“书记啊，我跟你老人家提个意见，你是人大主任，应该知道，我是全国人民代表，我有权利向全国人民征询意见，收集提案，这是在履行一个代表的职责。” 书记说：不是这样的。罗崇敏说：就是这样的。书记说：这会让人怀疑你的政治目的。罗崇敏说：政治上请你不要怀疑。那次，罗崇敏征集到240多条建议。 2009年初，罗崇敏在云南推行“基本普及十三年教育试点”。省长深知罗崇敏个性，笑着问罗崇敏：“你怎么搞十三年义务教育也不和我们商量？” 罗崇敏有备而来：“我没有提过义务教育。我说的是基本普及教育。这有根本的不同，但都是要促进教育公平，提升教育质量。不是免费教育，更不是强制性教育，而是普及率的加强提高。” 省委书记、省长拗不过罗崇敏，同意试点，但要求不扩大范围。
