宫颈囊肿的发生是在宫颈糜烂愈合过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻宫颈囊肿塞;腺管周围的结缔组织增生或瘢痕形成压迫腺管，使腺管变窄甚至阻塞，腺体分泌物引流受阻，滞留形成的囊肿叫宫颈纳氏囊肿。泰安协和医院妇科宫颈囊肿权威专家描述，检查宫颈囊肿可以看到宫颈表面突出多个大小不一的青白色囊泡，如继发感染后可呈黄色小囊肿。有的宫颈囊肿可以长得很大，突出于宫颈表面，甚至到达阴道口，根部与宫颈之间有蒂相连，常合并有宫颈囊肿。宫颈囊肿一般为良性、炎性反应，不会癌变。
宫颈囊肿常并发于慢性宫颈炎后，因此患者宫颈粘液理化性质有明显的改变，含有较多的白细胞，当精子通过子宫颈时，炎症微环境会降低精子的活力，粘稠的分泌物难以使精子通过，对进入其中的精子有很大的毒害，造成精子能量消耗过多，大量的精子被炎症细胞吞噬，被细菌及其毒素破坏，使精子丧失活力。从而影响到女性顺利受孕，患有宫颈囊肿的女性建议先治疗后受孕。