复发性口腔溃疡首先与免疫有着很密切的关系，有的患者表现为免疫缺陷，有的患者则表现为自身免疫反应，也就是由于各种因素，使人体正常的免疫系统，对自身组织抗原，产生免疫反映，而引起组织的破坏而发病，其次是与遗传有关系，在临床中，复发性口腔溃疡的发病，有明显的家族遗传倾向，如父母双方均患有复发性口腔溃疡时，其子女约有80— 90%患病，若双亲之一患此病时，其子女约有50—60%患病。 另外，复发性口腔溃疡的发作，常常还与一些疾病或症状有关，比如消化系统疾病胃溃疡，十二指肠溃疡，慢性或迁延性肝炎，结肠炎等，另外贫血，偏食，消化不良，腹泻，发热，睡眠不足，过度疲劳，精神紧张，工作压力大，月经周期的改变等等，随着一种或多种因素的活跃，交替，重叠就出现机体免疫力下降，免疫功能紊乱，也就造成了复发性口腔溃疡的频繁发作。
缺乏微量元素锌、铁、叶酸、维生素B12等，可降低免疫功能，也会成为经常性口腔溃疡的原因。