主舞台是一个被称为见泷原的岛国。那里的环境类似于中古时代的日本。星罗棋布的村庄由巫女掌管。而巫女的信仰则类似于日本神社文化和基督教的混合。每个神社的巫女都服侍不同的本地神明又同时对圆神保持些信仰。不同神社的巫女都隶属于圣圆香宗，受到大巫女的松散管辖。
而只有有天赋的少女才能在巫女的辅导下成为见习巫女，见习巫女在青春期时学习魔法与技艺，最后在圆神神像面前许下愿望，只有真诚的愿望才会实现，而少女将获得新的力量，灵魂也将浓缩入灵核中，借此成为新的巫女。巫女是村庄的守护者，人与神明间的使者。巫女不会衰老，只有意外死亡才能结束巫女的生命。
我们的故事从迟迟找不到自己愿望的见习巫女夏洛特开始。最近，夏洛特总是梦见一颗蓝色的流星从天空坠落流星，伴随着流星陨落，一个声音反复呼唤她的名字。 一夜，当夏洛特从梦中惊醒，她真的看见那颗流星陨落在遥远的西方。
夏洛特的导师认为这是一个关于少女未来命运的预兆，建议少女前往大陆中央的风间也城，寻求大巫女佐仓杏子的智慧。
于是少女出发了。
跟随前往风见野的猫又商队，夏洛特第一次离开故乡，一夜，商队遭到蚁人的攻击，商队护卫长雾谷溪将幼小的猫又梨花交给蚁人充当活祭品，愤怒的夏洛特独自一人前往了蚁人洞穴网寻找梨花，看见成千上万的蚁人大军正在集结，其中夹杂着被认为已经衰落已久的邪神后裔。救出梨花的夏洛特从某一个出口逃离蚁穴，发现二人流落在森林。蚁人的追兵就要抓住二人时，麻美与她的宠物丘比出现，击退了蚁人。三人决定前往风见野报告蚁人的举动，在被蚁人一路追杀之后，三人来到了风见野，向佐仓大巫女报告了蚁人的动向。众人积极布防。不久，蚁人大军袭来，在一场艰苦卓绝的攻城战后，蚁人召唤出了深渊中的魔物，而佐仓大巫女的副手美树沙耶加牺牲自己斩杀了魔物，蚁人溃败。胜利之后，夏洛特向杏子询问梦与流星，杏子认为世界再次出现异变，决定派夏洛特前往中央大陆寻找流星。麻美和梨花自愿跟随。就在启程的那天，沙耶加转生为杏子的守护灵，皆大欢喜。