一、可能影响生物的多样性
转基因大豆是一种优势大豆品种，会限制非转基因大豆品种的发展，从而影响大豆品种的多样性。一方面，由于具有较高的经济效益从而促使大豆种植者选择转基因大豆而放弃非转基因大豆；另一方面，转基因大豆会通过“基因飘逸”而破坏非转基因大豆的原始基因。
二、影响土壤和水生生态系统
转基因大豆大面积种植，除草剂的用量将增多，相应的土壤和水体中除草剂含量也将增多，最终会影响土壤、水生生态系统。研究发现，当草甘膦溶人土壤进入到地下水，若水温升高，pH值超过7.5时，会对水生生态系统产生毒害作用。
三、可能引起耐除草剂杂草的蔓延
研究表明，转基因大豆使用除草剂量较种植非转基因大豆多11．4%，会加速抗性杂草的发展，会使某些物种抗性剧增。
