故事设定在一场**无法应对的世界范围内的治安危机当中，产生了一种在法律限制内解决个人或组织的委托以弥补**不足的职业——武侦。而在专门培养“武侦”的特殊学校东京武侦高中里，侦探科二年级的男主角・远山金次，因为拥有某种神秘体质，在某种契机之下会让大脑细胞活性化。对于这一点他始终希望对其他人保密，只祈求能过平凡的校园生活。可惜事与愿违，某天在上学途中他被卷入一起炸弹攻击，更因此和强袭科的超精英——神崎‧H‧亚莉亚相遇。就这样，被迫与S级的最强武侦亚里亚组队的金次，他的平凡日常生活逐渐地离他而去。