游戏的主要模式分故事模式“新说少女忍法帐”，和街机模式“百花缭乱记”。故事模式将以4方势力的各个角色为主人公，展开各自的故事。细分小说部分，冒险部分和动作战斗部分三块。

▲玩家可按学院选择故事

▲故事模式分三个部分
　　街机模式则是描述各个角色日常的喜剧外传故事，完成相应任务。