比赛开始前，城堡的女王艾莉（现任女王）带着自己的神奇宝贝模仿魔偶（吸盘魔偶的原始形态）和她的女佣珍妮，一起华丽地走出了御用马车的车厢，然后她宣布比赛正式开始。第一场比赛是小智对阵一个拥有斗笠菇的训练师。小智使用的是皮卡丘。由于皮卡丘使用了十万伏特这个专用技巧，并在敌人麻痹的时候给了它重重的一记钢尾，比赛很快就结束了。比赛中，那只草蜥蜴找到了到御用马车车厢的小路，通过变身伪装成了模仿魔偶。另一方面，珍妮看到了有两个模仿魔偶， 其中一个又变成了长尾怪手！没过多久，另一场更接近决赛的战斗开始了：小智与一个身着中世纪骑士铠甲的训练师相遇。小智再次让皮卡丘上阵，对手放出的是玛狃拉（狃拉的进化形）。一开始玛狃拉就朝皮卡丘投掷了一个影子球， 被皮卡丘用十万伏特挡住。皮卡丘继续抵挡着玛狃拉的攻击直至整个赛场被浓雾所笼罩，浓雾散去后皮卡丘取得了最终的胜利！ 

战斗结束后，长尾怪手走向战斗场上的皮卡丘，为它庆祝胜利。小智则向对阵的训练家走去，感谢他在战斗中的精彩表现。然而让小智和小遥都大吃一惊的是，当那个训练家摘下他的头盔后，大家发现“他”竟然是一个女孩子！她自我介绍说她叫琪朵，小遥忽然发现小刚和小胜都不见了，一转身却看到他们竟跑到了下面。小刚拉着琪朵正准备大献殷勤，然而小胜却揪住他的耳朵把他拉开了。就在这时，艾莉宣布下面将会为“波导的勇者”举办一场盛大的舞会和宴会。 
小智被特邀坐在一张俯瞰舞会厅全场的宝座上，艾莉将波导勇者的象征——艾伦的权杖颁发给他。就在颁发权杖的时候，武藏和小次郎正夹在人群间鬼鬼祟祟地走着。小智看了看那权杖顶端镶嵌的宝石，忽然听到有个声音在哭喊着。 “……为什么?” 小智有些疑惑了，他问别人有没有听到声音，但大家都说没有。于是小智不再理会这件事，舞会很快便开场了。小遥和一位名叫弗雷迪（据说能获得任何一个见过女子的芳心）的嘉宾滑入舞池，而在角落里，小刚紧张地邀请琪朵共舞。琪朵答应了，但小刚似乎仍无法控制自己紧张的情绪。小胜则在食品桌前享用着宴会上的美味佳肴。长尾怪手和皮卡丘也在一旁跳起了舞，小智见状把自己的其他神奇宝贝都放了出来，让它们尽情地玩一场。小遥也放出了自己的神奇宝贝。 

长尾怪手准备带着它的一队新伙伴参观城堡。本来正躲在桌子底下偷吃东西的喵喵听到了，决定跟踪它们。就在它走到那些神奇宝贝们穿过的门前时，森林蜥蜴随手把门关上了，喵喵被撞进了附近的一个壁炉里。长尾怪手带着其他神奇宝贝一起到了顶楼。 
在阁楼上，长尾怪手让大家看了一些玩具，并和大家一起玩耍起来。杰尼龟和龙虾小兵在阁楼的上方看到了一套木制的火车。它们带着皮卡丘和森林蜥蜴一起用它滑到了楼底，又一直开啊开直到撞到一大堆橡皮球上。神奇宝贝们有的把橡皮球弹来弹去，有的滚球玩，玩得兴高采烈。过了一会儿，长尾怪手变身成皮卡丘，并和小智的皮卡丘一起跳起舞来。 

琪朵和小刚暂停了舞蹈，她问他能不能拿点饮料来。小刚立刻飞奔去拿饮料，然而就在他离开时，琪朵悄悄地跑向了神奇宝贝们离开的方向。她迅速地脱下戏服，换上一套粉紫色的潜水服般的装束。在琪朵翻出窗外的时候，喵喵注意到她的行踪并跟了过去。她爬到了房顶，将一根钩绳越过城堡的空场射到了一座塔上。琪朵抓紧了绳索，从一个房顶向另一个房顶荡去。喵喵只跟到了这里，然后便从倾斜的屋顶上滑了下来。它用尾巴勾住了一根装饰用的杆子，却还是摇晃着掉了下去（晕倒），撞进了底下某层楼的窗子里。 
坐在高高在上的宝座上的小智开始感觉有些无聊了。他看了一会身边墙上挂着的织有艾伦形象的巨幅挂毯，又向下面的舞会厅望去。小智问珍妮自己能不能找点东西来吃， 珍妮却教导他要老老实实坐在宝座上，像个英雄的样子。武藏和小次郎试着通过跳舞来混进舞会，然而不一会却与小遥和弗雷迪交换了舞伴。武藏觉得弗雷迪很有魅力，于是满怀激情地疯狂地跳了起来。小次郎却不得不努力不要直视小遥以免露出马脚。小胜注意到神奇宝贝们都不见了，过了很久才看见小卡比兽过来抓了一盘子水果端到楼上去，于是跟着它一起到了顶楼。

琪朵在房顶找到了一个可以从喵喵打坏的玻璃窗里直看过去的绝佳位置。她带上一副特制的眼镜注视着梦幻，开始报告信息。这些情报由一辆停在城堡附近的军用吉普车为中转发射到卫星的轨道上，然后传递到某城市市中心的一座高楼里。看起来琪朵大概与一个庞大的组织有着某种联系，而他们似乎想要得到关于梦幻和“创始之树”的消息。 
在阁楼里，另一只皮卡丘变回了梦幻，去看掉下来的喵喵有没有受伤。琪朵趁机放出两只玛纽拉，其中一个还拿着一些装备。它们从坏掉的窗子里跳进去，迅速对梦幻展开攻击，却被梦幻轻松地避了开去。在梦幻向门口飞去的时候，两只玛纽拉一起使出了暴风雪试图阻止它的行动，却把刚好推门进来的小卡比兽冻了个正着。门的铰链和门缝也都被冻住了，小胜赶到的时候发现门怎么也打不开了。梦幻很快就被困住了。然而就在其中一只玛纽拉试图把装置放到梦幻身上时，皮卡丘用十万伏特攻向了它，梦幻则趁势逃到了皮卡丘身边。玛纽拉又一次放出了暴风雪，皮卡丘和梦幻急忙向两边躲开，其他的神奇宝贝们却被攻击击中而冻住了。梦幻飞到墙角的喵喵身边，变成了它的样子，然后把自己和真喵喵调换试图让玛纽拉们弄混。然而玛纽拉们却冷笑起来，同时用影子球向两只喵喵攻去。皮卡丘赶紧插进来用闪电击向两个球，两股能量的猛烈冲击导致了巨大的爆炸。 
琪朵注视着这一切，发觉计划似乎并没有按预想顺利进行。刚才的爆炸把皮卡丘打昏了过去，现在只剩下梦幻和喵喵两个了。梦幻变回了自己的本形。阁楼外面，小胜终于把门弄开了一小条缝，他透过门缝看里面究竟发生了什么事情。刚看到梦幻的时候小胜几乎不敢相信自己的眼睛，然而梦幻抢在玛纽拉作出下一步行动前使用了瞬间移动，把三个神奇宝贝一起传送到了一座塔的尖顶上，喵喵差点又滑了下去，而梦幻则变身成了比雕，向“创始之树”的方向飞去。面对这次小小的失败，琪朵惋惜地叹了口气。 
舞会场中，小刚端着两杯饮料走到琪朵刚才站着的地方，却发现她已经不在那里了。小遥很奇怪为什么她的舞伴一直不看着她，幸好这时艾莉宣布进入庆典的下一个环节，小次郎才得以在露馅之前脱身。珍妮让小智站起来摆出英雄般的姿势。小智不知如何是好，珍妮指着艾伦的画像教他把权杖举过头顶，于是小智站起身来努力摆出了画上的动作。权杖上宝石有一个部分是可以让鲁卡力欧看到外面的世界的，小智又一次听到那个声音在喊“——为什么？”。声音重复着，忽然宝石开始发光，将鲁卡力欧释放到了舞会厅的另一端。鲁卡力欧显然仍是在以波的形状来认知事物，它把小智当成了艾伦，因为两人的姿势实在是一模一样。它走到小智的面前跪了下来，小智却解释说它是弄错人了。鲁卡力欧惊愕地睁开眼睛，面前的确实不是艾伦，只是小智而已。它被身边的事物彻底弄混乱了——这里有那么大一群人，还有假扮的艾伦……可这确实是从前那座城堡啊。鲁卡力欧决定自己必须弄清楚这一切，于是快速逃出了人群，沿着城堡奔跑起来。它看到这里已经不似往昔了，但就在漫步其间时，关于它自己和艾伦的回忆，又逐渐浮现起来。 
鲁卡力欧停在了一间陈列室前，在它的印象里那曾经是一间卧室。小智、小遥、小刚和艾莉在那里找到了它，艾莉告诉它她是琳恩女王——在鲁卡力欧生活的时代君临这座城堡的女王的传人。鲁卡力欧想了一会儿，看出她们确实有很多相似之处。艾莉走近鲁卡力欧，安慰地拥抱了它。 另一方面，在创始之树，梦幻精心照料着躺在树叶做的小床上的皮卡丘。喵喵在一旁看着梦幻收集的一大堆玩具，基本上明白它平时都在干些什么了。 

小智一行人离开了陈列室，向宝座所在的房间走去。小智很好奇鲁卡力欧究竟会把他看成谁， 艾莉于是向他们讲述了艾伦和鲁卡力欧的故事。可能是因为在鲁卡力欧特殊的视线里小智和艾伦实在是太相象了吧，它补充说小智和艾伦有着非常接近的波长。武藏和小次郎在上方的平台上听到了这一切，武藏决定要抓住鲁卡力欧。就在这时小胜跑进了屋里，告诉众人他刚刚看到梦幻被袭击了，后来梦幻又把皮卡丘和喵喵带到什么地方去了。武藏和小次郎这才发现喵喵不见了。尽管最初大家都不相信小胜的话，但琪朵也急匆匆地跑了进来，说她也和小胜看到了一样的事情。她又说她还看到梦幻变身成比雕，带着那两个神奇宝贝向“创始之树”飞去了。小智问“创始之树”是什么，艾莉于是带他们来到能够俯瞰这片大陆的平台上，在地平线的中央矗立着一棵巨大的树。艾莉解释说这棵树具有超乎想象的治疗的力量，它可以使大地恢复生机，还能平息愤怒的心，尽管完成这一切还需要另一个生命的配合——神奇宝贝的起源梦幻！小智明白现在找回皮卡丘的唯一办法就是自己去一趟那里，而鲁卡力欧也正想到那里去。不仅仅是因为它熟悉这个地区，更重要的是，它迫切地想知道艾伦的下落。

夜幕降临，一行人停下脚步。虽然已经来到离树很近的地方，但大家决定现在最好还是睡一觉。小智说明天他一定要找回皮卡丘，鲁卡力欧很奇怪他为什么那么拼命地要把皮卡丘找到。它觉得既然小智和艾伦那么相像，就也会像艾伦抛弃它那样弃皮卡丘于不顾。小智被鲁卡力欧的话惹恼了，他不顾一切地和它扭打起来，从一块岩石上一直滚进附近的池塘里。他们两个在池塘里继续搏斗着，其他人急忙赶来试图阻止他们。最后鲁卡力欧把小智扔到了岸上，自己跳到了岩石的顶上。它愤怒地想人类都是邪恶的生物，就像让它凉透了心的艾伦那样。小智看着鲁卡力欧走开，觉得自己刚才可能有些过激了。鲁卡力欧靠在一棵树上，又陷入了回忆之中。 

艾伦那时在传授一种即使蒙住眼睛也能用波的能量看见物体的特殊能力，即所谓的'波导'。他能够轻易躲开好几个同时袭来的木桩。鲁卡力欧跟着他学习这种能力，现在要轮到它去做这个动作了。最开始躲那些木桩的时候它不免有些紧张，有些是绕了一个U字型才躲开的。无论如何，最终鲁卡力欧通过了测试。正想到这里，小胜走了过来，拿出一大块巧克力。他告诉它这个东西是甜的，很好吃，说着掰下来一块递给它。鲁卡力欧闻了闻，犹豫了一下，但看到小胜吃得很香的样子，便也把巧克力放到嘴中。美味的食物让它不由笑了笑，但发现小胜正看着自己时，鲁卡力欧又恢复了严峻的表情。 那天深夜，喵喵睡着了以后梦幻和皮卡丘又嬉闹了好一阵子。梦幻找来一些玩具，从中拿出一个壶壶形状的充气玩具，把它吹成好几倍大放在皮卡丘身边，然后又回去找出一个溜溜球来玩。皮卡丘勉强地笑笑，却仍然无法抑制对小智的思念。 小智忽然觉得听到了皮卡丘的声音，从睡梦中惊醒过来。他走出大家正睡着的吉普车，看到鲁卡力欧倚在一块岩石上。小智劝鲁卡力欧要多看事物光明的一面才好，又讲起自己与皮卡丘初遇时的故事，他是怎样挡在袭来的烈雀群前保护它。小智告诉鲁卡力欧他和皮卡丘之间是朋友般的感情，鲁卡力欧说艾伦是自己的主人，那么久以来一直作为艾伦仆从的它无法理解和人类做朋友是怎样的概念。 

第2天，沿路驶来的众人很快到达了一个停靠处。鲁卡力欧忽然站起身来眺望远方的一座山崖，其他人都奇怪地问它怎么了。鲁卡力欧告诉他们它很清楚地记得这里就是当年艾伦把它封进权杖里的地方。说着它不小心轻轻踢到了一朵时间之花，神奇的花朵开始回放起所记录的影象。这演绎的正是那时的事情，鲁卡力欧遇到艾伦，艾伦向它抛出权杖将它封印在宝石中。众人默默地看着艾伦向世界诞生之树的方向飞去，忽然从旁边的两条小路上出现了绿色军队的身影。鲁卡力欧显得非常害怕，开始不顾一切地把波能弹向它们投去，险些没砸到小智身上。小智叫鲁卡力欧冷静下来，那只是一些幻影而已。它慢慢停住了，但仍然为那时发生的事情震惊着。小智走到它身边，为自己以前不了解这件事对它的影响而蛮横无礼向它道歉。鲁卡力欧却微笑着站起来，它想也许小智说的是对的吧，艾伦所以这么也都是为了它好。 

在他们返回吉普车的途中，鲁卡力欧忽然警觉到了什么，在千钧一发之刻它推着小智躲开了挖洞而出的岩神柱。岩神柱听到了机械的声音，并对“入侵者”们使出了破坏光线。武藏和小次郎侥幸赶在吉普车被剧烈的攻击击毁前逃了出来。鲁卡力欧在岩神柱准备发射第2道破坏光时跳将了进来，将一个能量球对准破坏光线发射出去，两股能量在半空中爆炸开来。琪朵借此找到了一条可以藏身的裂缝，鲁卡力欧一路牵制着岩神柱，掩护他们逃到裂缝中。路上鲁卡力欧告诉他们要在一条隧道处转弯。他们沿着隧道而行，看起来已经摆脱了岩神柱的攻击。在隧道的尽头他们来到一个生活着远古神奇宝贝的洞窟中。洞中有巨大的湖泊和田野，顶部一块巨大的水晶熠熠生辉，许多菊石兽，多刺菊石兽，阳阳玛，化石虫，七夕青鸟和尼多兰生活在其中。看来这便是在那棵传说的树中了，现在找到皮卡丘的惟一办法便是想办法上去。小智向前走进另一条隧道中，鲁卡力欧也紧随其后。琪朵拿出了眼镜，向她的公司报告信息，她的上司告诉她这棵树有着如血液循环般繁复联系的隧道网络，能量也由此得以控制。琪朵打开一个小小的直升飞机般的装置用以收集关于树的信息，然后跟上小智一行。

琪朵用探测器试着拿到了水晶生长处的样品。可是，一个红色斑点卷入并吞噬了它们。琪朵被警告说探测器很快会被摧毁， 树的防御系统已经全被激活了！ 
在下一个隧道的尽头，小智发现他落在了树的一片叶子上。小智再次跑上去，爬上了树叶他喊着在上方的皮卡丘的名字，皮卡丘听到了小智的喊声也叫了起来，小智和皮卡丘知道他们离的很近了。在事情就要变好的时候，冰神柱站在小智的前边，挡住了小智的去路，并开始用冰光向小智攻击。鲁卡力欧跳起来打倒了神柱，小智得以逃脱。他来到隧道，告诉其他人他们必须找另一条路，因为冰神柱在上边。此时鲁卡力欧扔出一个波导能量球，这样冰神柱会昏迷更长的时间得以让他们逃跑。他们在隧道中找到另一个隧道，发现他们在一个大的洞穴口的悬崖前，是一条可以通向地面的路。蓝色的水晶柱子从一面墙伸到另一面墙，正在他们决定该怎么走时，武藏和小次郎发现他们在同一个地方不同的入口。他们跳下来到小智他们那里，坠机般着陆了。显然岩神柱和钢神柱发现了他们。鲁卡力欧指了一条穿过柱子像桥一样通向上边另一个出口的路。武藏和小次郎是第一个冲上去的，然后其他人也跟了上去。鲁卡力欧掩护着他们逃跑。沿着这条路，他们跑到了一个狭窄的石桥，从容地穿过了桥。武藏和小次郎跑在前边。 鲁卡力欧在队伍的最后，他发现柱子追了上来，向桥发出了一个波导弹，在三神柱有机会通过前把桥毁掉了。（过河拆桥啊。。） 

当武藏和小次郎走到前边，一个红色斑点从隧道的另一边出来，跟着他们。 它变成了一只噬人古花形状开始吞没武藏。小次郎赶忙放出沙漠奈亚，使用导弹针想救武藏。但是它的攻击没能有奏效！武藏最终被淹没了……另一个斑点追向小次郎，小次郎放出了蓝风铃，但是太迟了，他的神奇宝贝没能来得及做出反应……小智一行人来到这里只看到了结果，奇怪这里会发生什么。有一个化石翼龙形状的东西追了上来，但是鲁卡力欧用他的能量球破坏了它。很快红色斑点追了上来。其他的斑点试着找一条路追过他们。其中一个通过了小路并差点抓住了， 幸好有鲁卡力欧的阻挡才没得逞。它抓住了鲁卡力欧，但是很快就放了下来。显然这东西对神奇宝贝不感兴趣。正当不会再向坏处发展时， 两个神柱再次跟了上来 他们逃跑的时候发现一个有两个隧道的房间。他们决定分开，这样至少有一队人会逃脱三神柱的追捕，而且他们很快就会会和。小智和鲁卡力欧被分在一组，来引开三神柱剩下人是另一组。四人进入一个隧道， 鲁卡力欧和小智进入了另一个隧道。小智为了在三神柱出现时及时发现，就留在了后边。 

当四人穿过树的时候， 红色斑点又一次来袭击了。这次它抓住了小刚。但是不让他的神奇宝贝跟着， 他最后一刻把神奇宝贝全放了出来。小遥和小胜也被抓了，小遥也放出了她的神奇宝贝。另一方面，琪朵正试图躲开它们的攻击，想办法逃离这些斑点的追捕。 

鲁卡力欧和小智设法甩掉三神柱，但是他们却意外来到了一个由水晶柱子连接的巨大山谷前。不但路很远，风也很大。另一方面，皮卡丘、梦幻和喵喵从另一个隧道出来了。小智遇到皮卡丘十分高兴，从柱子上跑下来，皮卡丘也高兴异常地飞奔过去。皮卡丘可以很轻松地乘风从一个跳到另一个地方，但是小智却老是会摔倒，在抓住另一个柱子时。他的帽子被风吹走了，但是梦幻抓住了它。他继续努力着，当风变大时俯下身子，终于和皮卡丘在中间相遇，皮卡丘飞扑上去，终于抱在了一起。但是他们跳得太短了以至于摔了下去。危急时刻，琪朵用她的攀岩钩抓住了小智和皮卡丘，把他们送到了鲁卡力欧等待的山洞。皮卡丘 正奇怪这个神奇宝贝是谁，小智把鲁卡力欧介绍给他的朋友和自己的神奇宝贝们和皮卡丘。看起来鲁卡力欧已经开始明白可能发生的更严重的事情了。此时梦幻和喵喵也加入了他们， 梦幻把小智的帽子还给了他，现在该出去了！ 

在隧道中穿行时，他们再次遇到了那些红色斑点。他们找到一个通向另一个隧道的岔路，走了进去，希望摆脱那些红色斑点，但是它们仍紧跟在它们后面。他们来到一个有巨大的水晶构造的屋子。鲁卡力欧在前边带路，但是却中了钢神柱和岩神住的埋伏。钢神柱抓住鲁卡力欧并把它给打昏了过去。红色斑点抓住机会缠住了小智和琪朵。当他俩就要被“吞噬”的时候，各自放出了神奇宝贝抵抗。鲁卡力欧踢开了钢神柱去救他们，但是当小智的精灵努力尝试着最后的希望接近他并把他推开时，已经太迟了。眼睁睁看着小智被这些红色斑点拖入了地下。小智的神奇宝贝们为自己的无能为力感到痛苦。鲁卡力欧看着这些，也为自己的大意感到后悔不已。

梦幻一行继续着前进，他们触摸了一个水晶。它开始发光变绿，就像区域里的其他水晶一样。看起来像是梦幻在显示它能够治愈这树的咒符。很快红色斑点变成绿色，落入了土堆并溶解掉了，受害者也从被吸进去的地方逃脱出来了，小智也从斑点中被救了出来，神奇宝贝们在一起高兴地庆祝（感人啊~~~）。三神柱离开了，他们看起来不再凶恶了。琪朵也很高兴事情都向好的方向转变了， 直到她发现有一块水晶又变成了红色，她感觉不太对劲。突然所有的水晶都变成了红色，梦幻变得异常的虚弱。琪朵抱起梦幻，感觉到它的身体很热。琪朵的上司说整棵树都变得不稳定了。如果等到它被完全摧毁，必然会引起一场毁灭世界的天灾！水晶开始变黑并破碎了，有些被毁坏，速度快的让人膛目结舌。在这每秒都显得如此宝贵的时间里，梦幻引导着他们找到一个它们可以利用梦幻来恢复这棵树的核心房间，现在的问题是他们不知道怎么恢复这树。而且梦幻现在很虚弱，什么也做不了。鲁卡力欧看了看一边，发现那里有一个水晶层，里面的人竟然是艾伦！ 鲁卡力欧不明白为什么艾伦在这里，他被密封在水晶里，但他的手套留在了附近另一个水晶层里。小智在核心的附近找到了一个“时间之花”，跑过去激活了它。当豆荚打开后，它的影象展示了艾伦进来时的情景。凤王进来后，变回原身的它暴露了自己就是梦幻。他们看着艾伦开始释放他的波导的能量给梦幻，只有这么多能量才能给予梦幻足够的力量。梦幻储存着能量，仅一次能量就被充分的储存了，它走到核心开始复原去平息那场战争。但最后，他们看到艾伦摔倒了，并显得异常痛苦，这景象结束了。他们现在知道该做什么了，但这会消耗人的生命。鲁卡力欧，看着他可以和艾伦一样利用波导的能量，断言自己要去做这见事。鲁卡力欧走向梦幻，开始释放自己的能量，但是很快能量返回了过来。他觉察到他还没有强大到释放出需要的能量！小智想起鲁卡力欧提到过他有着和艾伦一样特殊的波长，也可以控制波导的力量。他戴上艾伦使用的帮助引导能量的手套。琪朵质疑小智的行为可能会夺去他的生命，但小智说拯救世界比自己的生命更加的重要。鲁卡力欧和小智开始将能量向梦幻那里传导。 梦幻开始储蓄两个人所引导给自己的能量。时间一点点地流逝，他们加速引导了更多的能量，这开始使他们感到疲惫。但就在最后一刻，鲁卡力欧把小智从那里推开。他把自己其余的能量都传向了梦幻，将小智从死亡的边缘中拉了出来。当能量的引导完成时，梦幻迅速的移动到树的核心，释放的能量散发出了一束绿色光芒。就象数百年前的一样，水晶顿时变成了绿色，散发出照耀整个大陆的光芒，拯救了这棵树和这世界的根基。 梦幻完成治疗这棵树后，琪朵问她的上司这树是不是稳定了，一切是不是又恢复如初了。此时鲁卡力欧倒下了，被他所作的事情和自己的付出所累倒了。和当时艾伦一样的情形，鲁卡力欧将手伸进一朵“时间之花”，让它活动了起来。这次是艾伦和他坐在了一起。艾伦说着他最后的话：他感谢鲁卡力欧作为他的徒弟总是忠心耿耿。他封印鲁卡力欧是为了在迫近的危险前保护他的朋友，不是仆人……（感动流泪中）他——鲁卡力欧， 不是主人的仆人，而是自己的朋友！鲁卡力欧微笑着面对着他，他终于理解了艾伦。但自己的时间不多了，在自己的生命结束之前，他要感谢小智，让他感受到了和艾伦给与他的一样的友谊和那份无法用言语所表达的感情。鲁卡力欧很快就消失了，随着艾伦化为结晶形态，两只精灵都升上了天空。琪朵和小智走了出去，看到万物一切都重新散发出勃勃生机，他们反思着友谊的价值到底有多高，特别是神奇宝贝和人类之间…… 
最后的一章（梦想的另一开始） 小智和他的伙伴乘电车离开了这个城镇。他们看到琪朵正收拾她的行李，驾着吉普车准备离开。小刚在那里烦恼着，他为自己没有给琪朵送行而放声大喊（死心不改~）。城堡里的画上画着艾伦挥舞着权杖，不过现在是鲁卡力欧也站在了他的身后。琪朵开始研究法恩斯（剧场版许愿星中的地点，背景是中国的武陵源），在她身后，魔术师巴特拉和黛安在正要去农场的路上。小智一行人又到了一个新的城市(和水之都惊人的相似，以前剧场版水都的守护神中的城市)，气球上的仍是飞天三人组武藏，小次郎和喵喵。他们在计划着下一个捕捉皮卡丘的行动。但喵喵从脏乱的气球上摔了下去，故事在喵喵掉下气球的那混乱一幕中收尾…… 
奥露朵兰城附近， 艾伦和鲁卡力欧在一条路上走着。艾伦拿着一些巧克力，分了一些给鲁卡力欧……

加油�

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