在莲花池上，按黑苗人说的，用破天锤打破六座石象，随之一条通向远方的路出现，李逍遥沿路进入岛内。在岛内一个池塘边，李逍遥发现一正在沐浴的少女，于是盗了赵灵儿的衣服，并表示若赵灵儿答应给李逍遥仙丹就会归还衣服。赵灵儿答应了，出浴后以雷咒攻击李逍遥。李逍遥求饶，并说明来求药的原因。赵灵儿发现李逍遥身世与自己相似，于是同情李逍遥，并答应给李逍遥紫金丹。来到水月宫，李逍遥拿到紫金丹，并开始了解赵灵儿。正准备开离开水月宫时，遇见了赵灵儿的姥姥。姥姥责备赵灵儿带陌生人进来，并要杀李逍遥，赵灵儿上前阻止，并叙述被李逍遥发现沐浴的经过。姥姥威逼李逍遥留在水月宫并取赵灵儿为妻。当晚李逍遥和赵灵儿成亲。次日，趁姥姥不在，赵灵儿帮助李逍遥离开水月宫。{李逍遥在码头遇见一白苗族少女，女孩要求李逍遥送她去苏州，李逍遥不肯，还被女孩打了几棒。后来女孩听说黑苗的也来了就慌忙离去}李逍遥回到客栈，给婶婶服下紫金丹，随之忘忧散发作晕倒，被醒来的婶婶叫醒，此时已经忘记了到仙灵岛一事。晚上，回到自己房间的李逍遥忽然想起昨天和醉汉的约定。为了出客栈而不被婶婶发现，李逍遥从之前做好了的秘道离开房间，在出门时遇见了准备到水月宫抓人的黑苗人，但毫不知情。离开客栈{来到秀兰、香兰家，发现丁大伯哮喘病发作，急忙请洪大夫过去；和香兰交谈，得知十里坡怎么走}，通过十里坡来到了山神庙。醉汉传授御剑术于李逍遥就里去，李逍遥得知醉汉为酒剑仙。离开山神苗回去时已经是早晨，在回去的客栈的路上，李逍遥遇见两个问路的白苗女子（大概也是为赵灵儿而来，可惜慢了一步）。

来到客栈，黑苗人已经回来，占用了李逍遥的房间，并派了手下看守房门。李逍遥觉得可疑，于是从秘道进入房间，发现有一麻袋，而袋里装着就是赵灵儿。醒来的赵灵儿哭声惊动了黑苗手下，于是李逍遥和赵灵儿与黑苗人交战，并打退了黑苗人。李逍遥找张四哥帮忙，和赵灵儿回到水月宫救姥姥，可惜发现姥姥已经挺不住了。姥姥交代李逍遥照顾赵灵儿并带她去苗疆大理城找娘亲后死去。两人回到客栈，黑苗首领带着两手下与两主角交战。黑苗首领眼看要战败，此时婶婶回来，于是黑苗首领企图以婶婶做人质要挟两主角，没想到被婶婶用穿云掌击败。当夜，婶婶了解了赵灵儿和李逍遥的关系，并决定把铁剑和飞龙探云手授与李逍遥，让李逍遥带赵灵儿去找娘亲。两主角来到码头，乘坐开往苏州的商船来到苏州。

　　苏州城：

刚上岸，就发现一有钱人家女孩（林月如）正在教训准备私奔的一对家奴，李逍遥和赵灵儿上前阻止，救了两家奴并把林月如绑在树旁。没想到就在两主角准备进城时，林月如被两淫贼攻击，两主角回去消灭淫贼解救林月如并表示道歉，不料愤怒的林月如忽然一剑刺伤了李逍遥，之后慌忙离开。赵灵儿使用还魂术救了李逍遥性命。 进城后，发现全城都在讨论林家比武招亲的事。在一家客栈的赌场他们发现一男子（刘晋元）被殴打。主角上前打退了恶人救了刘晋元。刘晋元为感谢主角，晚上设酒菜与主角交谈至天亮，然后离去。唤醒睡着的赵灵儿，离开客栈遇见算命仙，表示给主角算命，不灵不要钱。算命后李逍遥表示不相信，于是没付钱离去，来到林家比武招亲现场观战，不料被林家千金林月如发现并要李逍遥上台较量。无奈的李逍遥只好应战，并打败的林月如，被林天南（林月如父亲）招入林家。林天南打发走了前来要求取消亲事的刘晋元，安排了李逍遥在东厢房休息，赵灵儿在西厢房休息。李逍遥来到西面的西厢房会见了赵灵儿，出来到花园，在丫环告知下，来到花园找到林月如并交谈成亲的事情。离开花园时一丫环告知李逍遥林天南在大厅等他。

林天南请来了算命人帮李逍遥算命，刚完毕就听到丫环慌忙前来告知在赵灵儿房间发现有半人蛇妖怪，赵灵儿也不见了。李逍遥赶到西厢房，和林月如一起进入赵灵儿的房间，发现半人蛇妖怪，妖怪撞枪离开了林家，李逍遥冲出去追寻赵灵儿下落。林天南听丫环述说那妖怪就是赵灵儿，并要求马上取消婚事，但林月如反对，也离去寻找李逍遥。李逍遥在路上遇见林月如，两人结拜兄妹后来到一直被传有蛇妖出没的隐龙窑寻找赵灵儿下落。通过繁复杂的迷宫最终找到蛇妖家府上，并与蛇妖男交战。蛇妖男诈降被林月如识破，并被林月如所杀。两人进入洞中发现许多被捉到洞中做杂工的女孩，但就是没有找到赵灵儿。狐妖女听说丈夫蛇妖男被主角所杀，于是和主角交战，不料也败在主角刀剑之下。主角们拿到缴获的石钥匙，打开了同向洞外的石门，并逐一告知洞内被抓来的女孩，把全部女孩都救出洞。失望的李逍遥离开山洞，却不留神，差点被一狐狸袭击。幸好林月如帮忙把狐狸打退。两人来到白河村。

村内，主角发现村民正被僵尸威胁着生命。在村的东面韩医生的家发现赵灵儿。韩医生告知需要六神丹治疗赵灵儿的病，两人取得药方，找到门外的药童。药童告知主角们需要活鲤鱼、银杏子、鹿茸和何首乌等几样重要药材。李逍遥分担寻找鲤鱼、银杏子和鹿茸的工作，其他药材由林月如分担。林月如决定回家取药，于是沿原路，通过隐龙窑回到林家，遇见正在修理被撞破的房墙的家奴。林月如叫家奴回去取药材但不能给林天南知道。 李逍遥到韩医生家的后面摘到银杏子，出村在山路上，用路上的捕兽夹捉到梅花鹿，取其鹿茸后把鹿放生。回到村中，来到一渔民家借渔竿，但渔民表示渔竿被孩子阿毛拿去玩了，可是找到阿毛时却发现他正因为弄丢了渔竿被其娘亲责备。李逍遥在河边的树林里找到了渔竿[注意：若刚来到白河村就马上到渔民家，可以马上借到渔竿]，再到村西南边的鱼塘钓到鲤鱼。回到药童那发现林月如已经到了。药童熬好六神丹，李逍遥和林月如进入韩医生家让赵灵儿喝下，赵灵儿醒来。为了表示谢意，三位主角表示愿意为白河村消灭僵尸。韩医生女儿韩梦慈告诉主角们先到玉佛寺请方丈帮忙。三人从白河村西北的木桥离开，走到第二个分叉山路，向西北走，忽然遇见一只老虎。把老虎消灭后，众人来到玉佛寺。

小和尚化作方丈与其他和尚逼主角成佛，于是三位主角和方丈等人开战。战胜后才知道一切为小和尚所为。小和尚化作玉佛珠，被起名小石头，装配到赵灵儿身上愿意帮助主角们消灭僵尸，众人离开玉佛寺，玉佛寺也随之消失。回到山路的第二个分叉口往东北方向进入黑水镇，一路杀退僵尸来到将军墓入口，进入将军墓。在墓内，通过复杂的迷宫，最终找到将军尸体所在。众人与将军尸体展开激烈战斗。战斗胜利，地面忽然凹陷一个大洞，三人掉入地洞中。等三人醒来，发现置身与血池边。一路跟踪，最终找到僵尸所源赤鬼王。三人与赤鬼王做生死战斗，最终消灭赤鬼王，并从他身上获得土灵珠和引路蜂。众人使用引路蜂回到地面，走回白河村，却发现韩医生家内韩医生被绑捆着。解救韩医生后，韩医生述说有黑苗人把他绑住了，并带走了韩梦慈到了鬼阴山。主角决定再次出发解救韩梦慈。再次从白河村西北的桥出去，来到山路的第一个分叉口向左走，不久来到鬼阴山口。

战胜看门的守卫后，众人进入鬼阴山内。通过重重迷宫，最后上到山上的神殿。在大殿内发现韩梦慈被铁笼关着，正要上前解救，却遇石长老埋伏。众人与石长老战斗，却战败收场。赵灵儿无奈之下愿意跟石长老离去换来保存李逍遥和林月如的性命。林月如和韩梦慈被关在铁笼内正烦恼怎么救醒笼外正昏迷的李逍遥时，阿奴再次出现，使用御蜂术的蜂毒与李逍遥体内毒素以毒攻毒，再给李逍遥服用药物后离去，随之韩医生带手下来到解救了众人。李逍遥和林月如继续出发追寻赵灵儿下落。

在衙门，由于林月如出身高权贵的林家，衙门判官不敢对其施刑，于是逼李逍遥招供。李逍遥忍不住拷打，愿意找到真正的女飞贼归案换他们清白，判官同意，于是暂时关押林月如，让李逍遥去找。李逍遥离开衙门{到衙门右侧面的监狱看望被暂时关押的林月如}，来到女飞贼家（此时家中无人），偶然发现房子左边有一机关，踩下去后墙上的屏风移开，出现一秘道。李逍遥进入秘道再次来到井底，发现了女飞贼并真正把她战胜，捉拿归案，林月如得到释放。两人得到离开扬州的特许。主角们走出衙门{到衙门右侧面的监狱见被关押的女飞贼}，离开扬州城。从蛤蟆谷山路上山{遇见扬州见过的古董商中毒的尸体，并从他身上拿到布包}，途中遇见一书生请求保护他上山。主角收取书生的报酬后继续上路，途中遇见前来警告山路危险的蜀山剑圣，书生被吓倒，决定回去。走到山上发现桥已断，又在一山洞口发现柳媚娘。主角们进山洞，却被柳媚娘拒绝通过而被迫出洞，但两人商量后觉得事情可疑，于是再次进洞，发现柳媚娘不见了。两主角进入山洞深处，最终遇见柳媚娘，并发现她原来是蛤蟆精。两主角与柳媚娘及其一只很巨型又恶心的蛤蟆开战，最终战胜{从蛤蟆尸体剖开取得五毒珠}。继续出去离开山洞。

　　长安城：

在山路上，遇见一白苗人开的食店，店主盖罗娇招待主角两人，这时候石长老带着赵灵儿经过，盖罗娇为了不使两主角陷入战场，于是迷昏了两主角。盖罗娇领兵与石长老对战，石长来眼看敌不过，于是使用绝招赤血毒焰与众人同归于尽，盖罗娇晓幸生还。路过的剑圣见状，以为众人为赵灵儿所杀，于是捉走了赵灵儿。赵灵儿的呼喊声惊醒了昏迷的两主角，两人出来救醒了盖罗娇。盖罗娇叙述事情发生后离去，两人进入京城区，遇见了林月如的阿姨云姨，并得知刘晋元得了怪病，众人乘船进入京城。 来到尚书府{左边数起第二位门卫阿辉请求主角帮他送情书给阿香姑娘，进房子把情书给阿香，阿香把一玉佩托你带给阿辉，但阿辉却说不是他的。把玉佩出示给右边数起第二位门卫阿德，他会表示是他的玉佩并收回，然后主角再次进去把事实告诉阿香}，和云姨见面后，从房子左边的出口来到后花园刘晋元房间，发现刘晋元正病倒在地，刘晋元夫人彩依急忙来到，并给刘晋元服药，刘晋元熟睡过去，彩依以刘晋元要休息为理由，把主角请了出去。两人离开刘晋元房间，遇见丫环告知去用餐。

李逍遥和林月如回去后发现原来是林天南到来。林天南要求和李逍遥过招，来到了后花园的黑蜘蛛森林入口前，但最终无法战胜李逍遥认老而归。林月如找到李逍遥又遇见了彩依，于是两主角再次来到刘晋元房间，发现刘晋元不愿意喝药，认为彩依是在害他，彩依无奈，使用仙术使刘晋元熟睡过去，然后离开。躲在屏风背后目睹一切的主角出来唤醒了刘晋元，刘晋元马上出去找云姨要告状彩依。来到后花园，刘晋元遇见了云姨，述说了一切，云姨让丫环安置了刘晋元，找两主角帮忙请法师给刘晋元检查。两人拿到云姨给的钱后来到尚书府门前的酒家，上到二楼，找到了法师，并带到尚书府刘晋元房间检查，却被妖术玩弄而吓跑了。两主角离开房间，发现整个后花园被迷昏香气所弥漫，众人以昏迷，两主角屏住呼吸冲出尚书府。在尚书府门口的池塘上发现一“浮尸”，于是好心把他捞起来，却发现原来是酒剑仙。酒剑仙醒来也觉察到尚书府内有妖气，于是要主角到屋内找蜡烛、符纸、檀香和酒（酒要自带或到请道士的那间酒家的掌柜那里买）给他做法事。物品拿齐后来到尚书府后花园的祭台，酒剑仙开始发功，却呼呼醉晕过去了（此时花园的迷昏香气已经消失），林月如自己出去找妖精，李逍遥也跟着出去，在后花园中遇见林月如正对付变成蝴蝶精的彩依，李逍遥也加入战斗。

　　圣姑家：

李逍遥梦见林月如后醒来，发现在圣姑家（三人被剑圣救起）。圣姑告知李逍遥赵灵儿怀孕并受伤了，需要李逍遥找需要凤凰蛋壳、麒麟角做药材医治，但林月如已经无法救治。李逍遥在林月如遗体前大哭。圣姑送走了剑圣，李逍遥也出发先到神木林找凤凰蛋壳。千辛万苦找到凤凰并把它赶跑并得到风灵珠，却被阿奴偷走了凤凰蛋。李逍遥追阿奴，不振被掉到树下。阿奴用卖魂术救醒了李逍遥，阿奴知道李逍遥的目的后答应凤凰蛋孵出小凤凰后才把凤凰蛋壳给李逍遥，但要李逍遥协助她到树洞偷木道人收藏的宝物。进入树洞中，来到宝物收藏地却没有找到水灵珠，只好拿了其他宝物后离开。{欲进入桃花源，发现很大雾无法通过，于是使用风灵珠吹散大雾，在桃花源找到桃源村，遇见阿桃等人并得知村长被木道人抓去了，于是启程找木道人。途中遇见宋公子，在他指引下找到木道人并消灭了他，救出了村长。村长成全了宋公子和阿桃姑娘的这一对，并为了感谢主角两，赠送了寿葫芦，之后村民全部变回桃树，主角们也离开桃花源}回到圣姑家，得知阿奴是圣姑徒弟。之后两人起程去大理城。从圣姑家出来的东北面的树洞进去，上山后走过木桥就来到了大理。

　　大理城：

到达大理，此时大理正泛旱灾。{麒麟洞门口的一户人家，一男子向主角兜售仙剑，并要求主角用身上全部的钱购买。但购买后，男子马上开溜，两主角才发现上当受骗了。}阿奴和李逍遥试图进入麒麟洞，可惜被两个守卫拒绝。于是阿奴又到大理的东北边找到娘亲（南蛮王，族长）{遇见一红衣裳村民，发现他为黑苗族间谍，并将他消灭}，又因为他们开会而赶了阿奴出来。但从会场下来发现一看守麒麟洞的守卫抓到一黑苗士兵，准备前去报告。阿奴灵机一动，带李逍遥再次来到麒麟洞，命令剩下的守卫去找走开的守卫，于是骗走了守卫，进入麒麟洞。麒麟洞中找到火麒麟，并与之战斗。火麒麟最终化做人型，了解主角来的目的后送出了自己的麒麟角，并告诉两人到女娲神殿一趟。两人按麒麟老人意思来到女娲神殿，李逍遥在跪拜女娲象时，忽然发现女娲象很象赵灵儿，于是走上石象前，还被吸了进去。李逍遥随后见了赵灵儿娘亲巫后，巫后要李逍遥回去十年前做一件他应该做的事。 于是李逍遥回到十年前黑苗族地方，遇见了十年前的赵灵儿和她的姥姥正被黑苗人围困。李逍遥上前杀退了敌人，使赵灵儿和姥姥顺利乘凤凰离开。李逍遥为了掩饰身份，换上黑苗人的衣服，乘黑苗人的船来到南绍此时南绍正泛洪水。李逍遥来到南绍宫殿，发现拜月教主准备号召各黑苗士兵消灭巫后以消水患。李逍遥进入宫殿，从殿内右上角入口进入底下监狱，找到巫后，并劝服了巫后逃生。巫后拜托李逍遥帮她找她的天蛇杖。于是李逍遥上回地面，从宫殿的左上角入口进入地下，把巫后告诉李逍遥的暗号传达给看守入口的石长老，于是石长老让你进去取天蛇杖。李逍遥拿到天蛇杖回到监狱并交给了巫后，两人正要离开，拜月教主和巫王带领士兵来到阻挠。

拜月教主使用法术逼巫后变成蛇形，李逍遥正想阻挠敌人，被巫后拉着一同跳入水中。不料拜月教主在水底养了水魔兽，并且在水中会有不灭之身。两人只好一直逃走，最后走投无路。巫后使用风咒把李逍遥送上水面，自己和水魔兽同归于尽。李逍遥回到地面，却又遇见追赶而来的拜月教主。正巧石长老也来到，拜月教主命令石长老对付李逍遥，但却被李逍遥击败。石长老不甘失败，准备使用绝招赤血毒焰，此时凤凰飞来，抓伤了石长老的左眼并带走了李逍遥。凤凰把李逍遥带到了曾经出现在李逍遥梦中的罗刹洞。李逍遥通过了洞内迷宫并找到罗刹鬼婆将她真正消灭。此时林月如忽然出现，并和李逍遥开战，使李逍遥很困惑。幸好书中仙出来提醒李逍遥这是幻觉与现实的较量，必须相信自己的判断。于是李逍遥克服了心魔，消灭了冒牌的林月如。此时凤凰再次出现，把李逍遥带到了十年前余杭的山神庙。李逍遥看见了十年前的自己并告诉他山神庙内有一受伤女子（赵灵儿的姥姥）请求帮忙。李逍遥进去庙内，女子请求李逍遥拿着凤纹手绢找灵月公主前来帮忙。李逍遥来到余杭码头，向一商船船主出示凤纹手绢，商人还原为灵月公主，回去帮助山神庙内的女子。灵月公主和赵灵儿姥姥等人正准备告别李逍遥，李逍遥上前询问如何结束一场梦，得知只要完成要做的事情就能回到现实。灵月公主离去，此时李逍遥的婶婶前来寻找小李逍遥。李逍遥回到山神庙附近，遇见正在帮婶婶寻找小李逍遥的香兰，随后李逍遥从山神庙往下走来到自己过去最喜欢去的地方，并发现一个盒子内装有水灵珠，此时小李逍遥忽然出现，并收起了盒子。李逍遥提出用木剑交换盒子内的水灵珠，小李逍遥同意，于是李逍遥得到了水灵珠。但还是没有回到现实。来到码头，遇见以为正急于聘请船工的商人，李逍遥闲着没事做，于是上船帮忙，随船来到苏州。在苏州城门口忽然发现十年前的林天南和林月如，此时四周朦胧，李逍遥回到了现实。

　　南绍城：通过无底深渊，三人来到南绍城，在南绍大殿上，赵灵儿在大厅与巫王见面，此时拜月教主出现，并使两手下与三位主角开战。战胜两手下后，趁众人不镇，巫王手变成尖刀，插入赵灵儿后背，赵灵儿受重伤。巫王变成树精，众人才知道此巫王由树精变成，真正的巫王已经被拜月教主所杀。气愤的李逍遥和阿奴消灭了树精。阿奴紧跟着给赵灵儿急救，李逍遥冲出大厅，找拜月教主报仇，一会儿阿奴也赶到。赵灵儿奇迹般复活过来出现在两主角间。三人齐心协力打败了拜月教主。拜月教主不甘失败，跳入的水池。众人以为已经胜利时，忽然听见水底水魔兽的声音，因此决定下水把水魔兽消灭。 来到水底，遇见了水魔兽，惊奇的发现拜月教主啖食了水魔兽，并与水魔兽结合为一体。三人再次与拜月教主交战。经过艰辛的斗争，终于再次战胜拜月教主。赵灵儿在战斗中不镇使背后的伤口裂开，血液流到水中，竟被临终的拜月教主吸取（赵灵儿流有女娲血统）而得到不死身。拜月教主准备再次对付三人，赵灵儿急忙使用风咒送李逍遥和阿奴上地面。可怕的拜月教主冲塌了地面，掀起了洪水淹没了南绍城。阿奴不镇被卷入水中，李逍遥匆忙潜入水中营救阿奴。赵灵儿使用全身灵力，决定完成娘亲未完成的事情，以自己的身体自身爆破封印拜月教主。战斗结束。