93年10月，在与热那亚的比赛中，巴乔将自己在联赛中的进球上升到三位数。同年12月，巴乔一举将世界足球先生和欧洲金球奖的两项超级荣誉一揽怀中。联赛中的17个进球是其进攻能力的超级体现。世界杯前夕，家中的第二个孩子马蒂亚顺利降生。
世界杯的痛
94年世界杯对于巴乔来说恐怕又是心中一个永久的痛。半决赛大腿受伤，决赛中，巴乔带伤上场，几乎毫无表现。意大利队又一次迎来了点球决战，然而巴乔的射门高出，巴西队获得了世界杯。辫帅落寂的身影长久留在全世界球迷心里。
紧接着的那个赛季，巴乔似乎仍沉寂于世界杯的不愉快之中。90-91赛季，巴乔联赛出场17次，攻入8球，相比前两个赛季，巴乔这个赛季的表现被意大利媒体标上了“滑坡”的字眼。尽管尤文图斯夺得了联赛和意大利杯的双冠王，但由于的巴乔还是在更为年轻的皮耶罗较量中“败下阵来”。面对AC米兰和国际米兰的发出的邀请书，巴乔最终选择了在95年7月6日正式来到AC米兰。然而事实证明，这次选择却将巴乔进一步推向了“深渊”之中。在红黑军团之中，巴乔扮演着可有可无的边缘角色。卡佩罗似乎根本没有重用巴乔的意图。联赛中出场28场，打入7球，AC米兰夺冠的征途上巴乔并没有被人们冠以“关键”的字眼。
效力米兰的第二个赛季，巴乔在球队的状况并没有随着卡佩罗的离队而有丝毫的改变。塔巴雷斯无力更改球队联赛疲软的状况，继任者萨基临危授命。他与巴乔的关系不用明言，用“仇人”的字眼形容他们并不为过。赛季过后，巴乔在米兰已经失去了在存在的意义。面对无情的萨基，巴乔毅然选择了加盟一家中游俱乐部博洛尼亚。
也是在博洛尼亚，巴乔将标志性的马尾辫剪掉。重新赢得队友信任的他重回意甲颠峰，在安德森、冯托兰、拉马迪等队友的帮助下，巴乔在这一年攻入22球，在射手榜排名第三，落后当年的射手王比埃尔霍夫五球，落后罗纳尔多三球。这样良好的表现引起了国际米兰的注意，一直以来的“圣西罗情结”一直萦绕在巴乔心头。他决定98年世界杯之后重回米兰，加盟国际米兰。
98年世界杯之屡意大利之败，也许可以归咎为老马尔蒂尼重用皮耶罗而放弃状态明显回升的巴乔。虽然出场时间无多，不过巴乔依然攻入了两球。可惜意大利依然难逃“主办国”点球恶梦。在与法国队的比赛中，巴乔补时阶段头球未进，迪比亚吉奥点球时刻罚球击中门柱。多苦多难的意大利队被法国挡在8球之外。
经历世界杯之痛，巴乔将一切希望寄予在新赛季的国际米兰身上。与罗纳尔多组成搭档，这对组合的确没有让所有的蓝黑球迷充满了期待。尤其在皇马来访，巴乔一人攻入两球过后，更多国米球迷包括队员自己都开始憧憬起联赛冠军的头衔。
先是巴乔、紧接着罗纳尔多、萨莫拉诺、文图拉都在伤病面前低下了头。国际米兰的锋线几乎无人可用，整个一年球队一无所获。99-00赛季，维埃里加盟球队，他与巴乔的搭档同样是联赛的一大看点，即使罗纳尔多复出后，巴乔也可以后撤到中场扮演进攻组织者角色。然而，里皮的到来改变了这一切。他与巴乔因皮耶罗结仇早在尤文图斯时，两人的关系便颇为紧张。果然，投入到联赛征战中，巴乔根本得不到足够的出场机会，发挥更无从谈起。2000年欧锦赛，巴乔的名字第一次在国家队大赛中消失了。
巴乔再次面临着抉择，是走是留？理智战胜了情感，巴乔选择在2000年9月加盟了是年升班马布雷西亚队。在那里他可以得道充足的上场时间，他可以充分享受足球带来的快乐。而布雷西亚距离维琴查的老家也不是很远。
最后的快乐
在布雷西亚的三年，是巴乔职业生涯中最为快乐的一段时间。在七十多长比赛中，巴乔打入了三十多个进球。老帅马佐尼的知人善用居功至伟。在这里他赢得了尊重和人们所应当给予他的一切。赛季中，巴乔宣布2003-2004将是他本人征战联赛的最后一个赛季。3月14日晚，布雷西亚客场与帕尔马一役攻入了里程碑似的一球，这也是他参加17赛季442场意甲联赛以来攻入的第200个联赛入球。此数字距离并列第3位的梅阿查和阿尔塔菲尼216球仅有16球的差距。4月29日，在热那亚费拉里斯球场开始的热身赛中，意大利主场1比1战平西班牙。冠军教练特拉帕托尼将国家队最后一个机会送给了巴乔，状态颇佳的忧郁王子再次出现在国家队的阵容之中。可惜的是巴乔没能带来进球。带着伤感，带着那份属于自己的忧郁，巴乔告别了自己的最后一次国家队之旅。
2004年5月16日，巴乔在圣西罗球场上演了个人职业生涯中的最后“绝唱”。巴乔在89分钟被替换下场之时，忧郁王子眼眶中的滚滚泪珠再也抑止不住。作为对手，马尔蒂尼领衔的AC米兰几乎没有巴乔任何表演的机会。但当巴乔下场时，马尔蒂尼依然走上前来对这位“意甲最后的技术大师”致以一个拥抱。就这样，在掌声中，在全世界球迷的注目下，巴乔走完了自己职业生涯的最后一战。
作为一名职业球员，巴乔的职业生涯难称完美。然而完美并不意味着不是最好，蓝色的眼睛，泛滥着亚德里亚海忧郁之蓝的眼睛，下个赛季人们恐怕再也不会看到巴乔出现在赛场上的英姿。但作为一个人，一名普普通通的球员，他的气质、他的球技，他的人品征服了球迷，照亮了亚平宁。
