内蒙古农村信用社创建于1951年，是由辖内农牧民、农村牧区工商户和各类经济组织入股，为农牧民、农牧业和农村牧区经济发展服务的地方金融机构。
60多年来，农村信用社经历了曲折的发展历程。1958年农村信用社和银行营业所合并，人事权和资金权下放给人民公社管理。1959年下放给生产大队，工作人员由生产大队管理，业务由生产大队和银行营业所共同领导。1969年交给人民公社，实行贫下中农管理。党的十一届三中全会以后，明确了农村信用社既是集体金融机构，又是国家银行基层机构的地位和性质，加强了国家银行对农村信用社的领导和管理。1982—1996年，归属中国农业银行管理，在农业银行的领导下，对农村信用社进行了一系列改革。1997年初内蒙古农村信用社与农业银行脱离行政隶属关系，由人民银行负责行业管理和监管。2003年末，中国银监会成立后，由银监会管理。
2004年，内蒙古自治区被列为全国深化农村信用社改革第二批试点地区，按照国务院关于“国家宏观调控、加强监管，省级政府依法管理、落实责任，农村信用社自我约束、自担风险”的改革要求，内蒙古农村信用社交由内蒙古自治区人民政府管理。2005年8月，内蒙古自治区农村信用社联合社（以下简称“自治区联社”）作为自治区人民政府对全区农村信用社管理的一个平台正式成立。自治区联社既是由全区88家旗县联社和5家单一法人社入股组成，注册资本9248万元，具有独立企业法人资格的地方性金融机构，同时又是在自治区政府授权下，依法履行对全区农村信用社管理、指导、协调和服务职能，具有一定行政管理性质的管理机关。
截止2011年12月末，全区农村信用社（含农商行、农合行）资产总额2663亿元，连续两年保持全区银行业首位；所有者权益总额166.17亿元；各项存款1975.59亿元,是2005年的5.1倍；各项贷款1225.08亿元，是2005年的5倍。三农贷款753.16亿元，占各项贷款61.5%，不良贷款余额56.59亿元，不良贷款率4.6%，资本充足率11.81%，贷款损失准备充足率141.13% ，拨备准备覆盖率95.09%。2005年以来累计实现税前利润148.88亿元，其中，2011年实现税前利润61.31亿元，是2005年的32.6倍。全区农村信用社共有机构2275家，其中旗县级法人机构93家，分别是：农村商业银行3家，农村合作银行7家，统一法人联社78家，两级法人联社2家，单一法人社3家。非法人机构2182家，其中支行178家，分理处182家，信用社和信用社分社1629家，储蓄所193家。
