1.发病时间比较长，一般5--10年不等，病情时间越长治疗时间也会越长，同时也给治疗带来更大的困难 ，
2.肛管尖锐湿疣患者大部分是心理因素扭曲，对异性十分反感，只接受同性之间生殖器官与肛管爱抚， 一边治疗一边仍然保持同性之间特殊的性关系，造成反复多次感染，
3.肛管尖锐湿疣发病比较隐蔽；一旦自己感觉**不适或者出血已经是患病几个月或者一年之久 ，肛管 已经广泛长出族状、菜花状疣体了。
4.许多患者对自身肛管与直肠解剖关系不清楚认知简单，容易与肛管其他常见病如：内外痔疮、息肉、 肛瘘、结核、类癌等混淆，不加重视，
5.治疗方案不对头方法不当，有病乱投医多种方法都试着治疗，不能对症下药从而达不到预期效果，
6.有一部分病人一旦诊断明确后非常害怕，精神负担过重不能和父母、家人、朋友之间沟通，心理压力 非常大影响工作、学习、食欲、睡眠等；长期以往造成自身免疫功能低下也影响治疗效果，
7.还有一部分病人因为诸多因素和生活习惯、家庭歧视等不能按时、正确、密切配合治疗、长时间间断 性用药等。
8.一味追求某某‘神奇药物’的特殊效果，长时间应用该药，有的使用一种方法或者药物5--10年之久仍 然不愈。