他在给科茨的一封信中说：“任何不是从现象中推论出来的说法都应称之为假说，而这样一种假说，无论是形而上学的或者是物理学的，无论是属于隐藏性质的或者力学性质的，在实验哲学中都没有它们的地位。在实验哲学中，命题都从现象推出，然后通过归纳使之成为一般。”他把假说和理论思维与形而上学联系在一起，轻视假说和理论思维，过分强调感性和归纳的作用，由此可见他是一个十足的经验论者。 恩斯格说：“只要自然科学在思维着，它的发展形式就是假说，……如果要等待构成定律的材料纯化起来，那么这就是在比以前要把运用思维的研究停止下来，而定律也就永远不会出现。”可见假说和理论思维的重要性。而经验论者虽然也一般地承认感性经验是认识基础，是知识的来源，但却片面的夸大了感性经验的意义，而贬低了假说和理论思维的作用，从而使自然科学停滞不前。 作为从个别事实或经验中概括出一般原理的思维方法——归纳方法，它虽然是一种扩大知识，发现真理的方法，但往往是一种不严密的，或然性的推理，在实际的认识过程中归纳和演绎是互为条件，互相渗透的，因而过分重视感性和经验，往往会歪曲了事物的本来面目。不能反映事物的本质和规律，从而阻碍科学的发展。 牛顿既是一位伟大的科学家，又是一位虔诚宗教教徒。正是他自然观的机械性，形而上学和经验论性质，使他投入了神学的怀抱，滑入了唯心主义的泥坑。 牛顿认为上帝是一个永恒、无限、绝对完美的主宰者，全智全能，无所不在，无时不在，无所不知，无所不能。并且他从天体力学中寻找到了上帝存在的论据。 牛顿的机械决定论告诉我们，所有物体运动变化的原因都在物质外部，这就使得牛顿不可能以彻底的唯物主义者姿态出现，从事物内部的矛盾中去解释天体运动的起源。 他认为：神创立了各个天体和星系，并且是神力的作用，使星体、星系不会因引力的作用最后落到中央那个系统上去。现在天体之所以能均匀地散布于空中，全靠神力的维持，由此断定了神的存在；而行星之所以能围绕恒星作圆周运动，除了引力以外，还必须有一个横向运动。“没有神力之助，我不知道自然界中还有什么力量竟能促成这种横向运动。”因此，牛顿把这种横向运动产生的原因归结为“神的第一次推动”，“引力可以使行星运动，但是没有神的力量就决不能使它们作现在这样绕太阳而转的圆周运动。”这样，牛顿就以机械性、形而上学和经验论在自然科学和神学之间搭起了一座桥梁，由自发唯物主义跌入唯心主义的深渊，“哥白尼在这一时期的开端给神学写了挑战书”，牛顿却以关于“神的第一次推动”的假说结束了这个时期，使自然科学又深深地禁锢在神学之中。 牛顿虽然以自发的唯物主义进行科学研究工作，但他在他的哲学思想中确认了上帝的庄严，他不仅为有神论者提供了各种“科学论据”，而且晚年从事神学研究，曾用不少时间研究炼金术和注释圣经，基本上再没有什么科研成就。当然造成他这样的原因不仅有着当时复杂的历史条件而且有着极为深厚的社会阶级根源，我们要给予批判。然而，牛顿由于发明了万有引力定律而创立了科学的天文学，由于进行了光的分解而创立了科学的光学，由于创立了二项式定理和无限理论而创立了科学的数学，由于认识了力的本性而创立了科学的力学，因而牛顿仍不愧是一位伟大的力学家、光学家、天文学家和数学家，是科学史上的一个时代的杰出代表。