目前生物学家对于鲸鲨的繁殖习性仍然有许多疑问。20世纪中叶以前，生物学家对于鲸鲨是胎生或卵生都仅止于臆测[5]。1956年，生物学家在墨西哥近海发现了一颗覆有鲸鲨胎仔的卵壳，而据此相信它们是卵生动物[5]。

1996年7月，台湾台东地区的渔民捕获了一条雌鲨，随后在它的体内发现了300条幼鲨及卵壳，显示鲸鲨其实是一种卵胎生动物[3][29]。鲸鲨会将卵留在身体内，直到幼鲨生长到40至60厘米后才释出体外，这显示出幼鲨并非全部同时出生。

雌鲨会将**保存下来，然后在一段长期时间中稳定的繁殖出幼鲨。生物学家认为鲸鲨会在30岁左右达到性成熟，它们的寿命可以达到70至100年。

历史上最小的活鲸鲨样本是菲律宾海洋动物研究人员在2009年3月7日所发现的，长度仅有38厘米，约当成年男性的前臂长度。当时人们在菲律宾的海滩上发现它，这条鲸鲨随后受到研究人员的照顾并被送回野外。科学家相信这次意外事件可能让他们发现一个鲸鲨的繁殖地

鲸鲨几乎没有天敌，人类进行的渔业活动是它们数量减少的主要原因。目前生物学家仍无法掌握鲸鲨的数量，世界自然保护联盟认为鲸鲨是濒危物种，波昂公约（ Bonn Convention ）则将这种鲨鱼列入了解中的迁移性鲨鱼备忘录名单。

濒临绝种野生动植物国际贸易公约在2002年把鲸鲨列为附录二物种，显示鲸鲨保育获得全球共识。鲸鲨在几个季节性聚集地区是水产业的补捉目标之一，人类主要食用鲸鲨的肉及肝油，有时也会将鳍割下来制作鱼翅。亚洲是鲸鲨主要的猎捕区域，包括括伊朗、印度、巴基斯坦、马尔代夫、菲律宾、中国大陆、印尼及台湾等地。

鲸鲨在其它地方虽然不是捕捞对象，但也曾被误捕。马尔代夫在1995年开始禁止猎捕鲸鲨，是最早针对鲸鲨进行全面保护的国家。菲律宾在1998年禁止所有有关鲸鲨的商业猎捕、贩卖、输入与输出活动，印度在2001年5月禁止这类交易。台湾是鲸鲨主要的猎捕区域之一，因为鲸鲨的肉质相当软嫩，所以在台湾被俗称为豆腐鲨。

台湾从2002年7月开始将每年鲸鲨的捕捞数量限制在80尾，最终在2008年开始全面禁止这类商业活动。台湾目前已经实施全球第一个鲸鲨捕获与监控系统，并开始利用卫星定位标识签标识放鲸鲨来研究其栖息的深度、不同季节的移动洄游模式及原因。

2010年，墨西哥湾发生了严重的漏油事故，导致4,900,000桶（780,000立方米）原油流入密西西比河三角洲南部。这里的鲸鲨目击记录约占墨西哥湾北部的三分之一，鲸鲨会花费几个小时在这里觅食。生物学家经过观察后确认鲸鲨无法避开海面上的原油，但是也没有发现任何鲸鲨因此死亡。

鲸鲨可以在人工环境中生存，日本大阪海游馆的主要特色就是2条鲸鲨。冲绳美丽海水族馆在2005年饲养了3条鲸鲨，鹿儿岛及横滨市八景岛的水族馆目前也都饲养著这种鲨鱼。

美国亚特兰大乔治亚水族馆（Georgia aquarium）总共饲养过6条鲸鲨（同时最多有五条存活），不过2007年1月11日与6月13日分别有1条雄鲨在馆内死亡，所以目前只剩4条鲸鲨，雌雄各2条。这6条鲸鲨都是从台湾运送过来的，而台湾车城国立海洋生物博物馆目前也饲养著1条鲸鲨。

阿拉伯联合酋长国迪拜亚特兰提斯饭店（Atlantis Hotel）曾经饲养1条鲸鲨，后来在2008年10月传出让鲸鲨重回自然环境的舆论声浪，所以最终于2010年3月将它放归大海。

2006年，新加坡圣淘沙名胜世界曾计划在水族馆展出鲸鲨，但是遭到7个保育团体反对，后来这项计划在2009年遭到搁置，由其它研究计划所取代

2011年开幕的中国烟台海昌鲸鲨馆饲养了5条鲸鲨，因为其水槽大小仅乔治亚水族馆的十分之一却饲养了更多条鲸鲨而遭到保育人士质疑

文化 鲸鲨在越南宗教信仰中被视为神只，并且被称为“Ca Ong”（意思为“鱼先生”）。鲸鲨在墨西哥及大部分的中美洲地区因为它们身上的斑点形状，被称为“pez dama”或“domino”。因为鲸鲨经常有规律的出现在伯利兹堡礁（Belize Barrier Reef）靠近人心果群岛（Sapodilla Cayes）的海域，所以巴西人称它为“Sapodilla Tom”。鲸鲨在肯尼亚被称为“papa shillingi”，这是因为肯尼亚人相信神明将先令投掷在鲸鲨的身上，所以它们身上才有那样的斑点。“marokintana”是鲸鲨在马达加斯加的称呼，意思为“繁星”。印尼的爪哇人称呼鲸鲨为“geger lintang”，意为“背部拥有星星的鱼”。菲律宾人则称它们为“butanding”与“balilan”。