story mode（故事模式）只有六个初始任务：怪兽陛下，奇迹，奥特之父！奥特英雄榜，连影，怪兽的赎金，亡灵复活。

出事人物：初代，7，归慢，A，leo，80，平成3杰，高斯，奈，max，梦。

第1关：怪兽殿下　　　背景介绍：古代怪兽哥莫拉在大阪城出现了。它正一步步向大阪城逼近，火炮根本抵挡不住怪兽，小朋友们的性命危在旦夕，一定要守住大阪城！　　登场人物：初代，哥莫拉　　胜利条件：击败哥莫拉　　失败条件：1大阪城塌了。2时间到。3初代被击败　　隐藏条件：1放出八分光轮，切断哥莫拉的尾巴。2折断哥莫拉的角　　S级条件：1体力残留50%以上。2时间残留1分30秒以上。3满足隐藏条件　　攻略要点：　　本关难度不是很大。开始后，哥莫拉会傻傻地向大阪城走，跑过去触发事件。科特队用麻醉弹击中了怪兽（哥莫拉会变晕，站在原地晃悠）。跑过去来个超重击，八分光轮伺候！然后就折下它的角吧（跑到它面前，停，按投和R1键 或者从后面使用投技）失去了两样利器的哥莫拉彻底绝望了，只会不断后退和防御。有时会用屁股扫你…（估计是用尾巴扫习惯了，改不过来，它的动作很好笑的）几个过肩摔，斯派修姆光线放出，胜利！注意：哥莫拉血比较厚，不要手软，尽快打死。它防御时不要等，直接用投技（注意别投到大阪城）。
过关后出现：
奥特水流（ウルトラ水流
再见了！奥特曼！