在一般人眼里，朱元璋选择钟山作为自己的寝陵是看中了这里的风水，后人看待这个问题时，多以迷信的观点来解释其玄奥。事实上，明孝陵的选址过程体现最多的，其实还是古代的环境科学和精妙的建筑规划理论。
在这处庞大的帝陵区域内，设计者将整座钟山以及部分水面作为重要的“风水”景观一起纳入孝陵的建筑规划设计中，从而实现了“因山为陵”、“天人合一”的中国帝陵建筑传统和文化理念。
譬如，钟山古称“龙山”，早在东汉末年，已被诸葛亮、孙权等政治家视为“龙蟠”之地。朱元璋作为大明开国之君，择金陵“龙脉”以为葬地，这完全符合风水要义。在钟山的南面建造自己的帝陵，在钟山的背面陪葬功臣，让自己的臣子在死后也护卫着自己，南北对应，尊卑昭然。钟山有东、中、西三峰，在古代的风水学上，这被称为“华盖三峰”。按照中国的传统，以中峰的地位最高。而孝陵所处的独龙阜，恰好处于中峰南面的玩珠峰下。
最早将这块地盘视作风水宝地的是梁代高僧宝志和梁武帝萧衍。在孝陵之西，有一座小山，人称“小虎山”，过去不解其意，现从风水地貌上分析，方知其正处于孝陵之右的“虎砂”位上，与孝陵之东的“龙砂”之象左右对列；而直对孝陵陵宫的“梅花山”，过去都以为乃朱元璋为让吴大帝孙权这条“好汉”给他的陵寝看大门而留下的，其实，这一如座如屏的小山是孝陵风水中的“案山”，有着十分重要的文化象征意义；其西南方向的前湖及逶迤南下的“钟山浦”也具有灵动的“朱雀”风水特征。这样孝陵陵宫及宝城就具备了左青龙、右白虎、前朱雀、后玄武的风水“四象”，加之孝陵的三道“御河”都呈由左向右流淌的形式，这种水，在风水上称“冠带水”，亦十分难得。
朱元璋和他的建筑设计师们刻意利用大自然，因势利导，将三条河纳入自己的寝陵范围，既可以保留泄洪通道，又让河流为陵墓增色。这是朱元璋尊重自然规律使然。如果朱元璋为建造自己的寝陵将三条河填平，山洪暴发时，其后果可想而知！
“风水说”是中国古代的环境科学和建筑规划理论的重要组成部分，具有丰富的科学思想和文化哲学涵义。尽管它受时代局限也夹杂着一些迷信成分，但在当代东西方学术界，人们都把它看成是中国古代文化的典型特色之一。