在其后的故事中，工藤优作没有太多的出场，大多时候他只是以某种特殊的方式给迷惘中的柯南一些提示，即使有出现也只是在最后阐述真相的时候露脸，原因也很明显，如果从一开始就出现的话，柯南就没有出场的份了。

他出场最多的时刻自然当数第六部剧场版（贝克街的亡灵），他还真是每时每刻都能给我们奇迹，父子之间的心灵沟通也很厉害。
当那些孩子们身陷死亡游戏中时，每一个父母都在哭泣，大堂里满是恐惧的眼神和痛苦的叫唤，只有他依旧神色平静，在最危难的时刻，他成为了人们无形之中的精神支柱，他与柯南在被隔离的两个世界中各自努力，互相启迪。他没有表现出慌张和恐惧，只是在冥冥之中用心给予柯南一份默默的鼓励，帮助柯南闯过一个又一个的难关。

一切并不那么顺利，柯南面带悲伤地说到“已经失败了，我们只有等死了”，还有那句无法在大家面前说出，但他的父亲却一定能听到的话“我已经不行了，爸爸”，一切似乎走向了低谷，那也是难得见到的柯南另一面，也一样是充满了绝望的神情，但在现实的世界里，他的父亲却看不出任何的悲伤，依旧是那么的平静，让人们在黑暗中依旧看到了希望。最后柯南顺利通过了游戏并救出了所有人，当他胜利的时刻，我第一次听到了他向父亲吐露了心声“多亏你得救了，福尔摩斯，不，爸爸！”我相信工藤优作一定能听到，就像弘树说的那样“我真的好羡慕，你和你父亲，即使相隔两个世界却依然心灵相通”。和以往不同，我看到了柯南的成长。

我后来有了一种想法，也许工藤优作是一个为了让我们更明了地看清柯南而存在的人，而正是工藤优作让我们看到了柯南的另一面，那脆弱的一面。

工藤优作与黑衣组织
网上盛传工藤优作可能是黑衣组织的老大，首先，工藤优作有着和新一一样的强烈的正义感，从《贝克街》这一剧场版就可以看出，其次新一是他的儿子，即使要试验APTX4869也不可能拿儿子做实验，因为连制作者本身都不能确定其药性，俗话说得好，虎毒不食子，工藤优作是很爱自己的儿子的，再说按照一些人的说法，他是为了写小说才创立这个组织，那么这各种的犯罪手法都将面世，作为其儿子的工藤新一，如此熟悉父亲的小说，又相当关注各种事件，怎么可能不猜测到自己父亲的身上？说起来贝尔摩德是BOSS宠爱的女人，工藤优作对自己的妻子的爱有目共睹，怎么可能再宠爱别的女人呢？而且，在整个故事里，他所扮演的角色是英国名侦探——夏洛克·福尔摩斯，他怎么可能是黑衣组织的老大呢？【详见剧场版六：贝克街的亡灵】