去看2集旧剧场版 你会明白一切的

TV结局：开头文字所述“西元2016年，人类补完计划仍在继续，以下截取一个叫做碇真嗣少年的内心”
即，杀死渚薰后，2016年，人类补完计划在实行，截取碇真嗣的内心作为人类补完计划的映射，表达庵野秀明希望表达的“这个作品结束的时候，不管是他们还是我，都能有所改变吧”即，能够笑对残酷的现实。但是这个结局由于晦涩不明，剧情不完整（我还是很看好这个结局的= =）使得FANS们作出许多过激举动（EOE里面可以看到很多……）于是，庵野秀明迫于压力，做出了《THE END OF EVANGELION》
THE END OF EVANGELION结局：继承TV24话之后（重制版第28话后），杀死渚薰后，NERV和SEELE彻底决裂，SEELE利用国联军队袭击NERV，碇源渡的计划和人类补完计划同时展开，绫波丽以自我意识第一次违抗了命令，莉莉斯乱入，使碇真嗣成了未来世界走向的主导……
差不多就是这样了，纯手打真累人= -

人类补完计划到底是什么？
人类诞生自莉莉斯，不属于这个星球，存在着残缺和心之壁的隔阂，SEELE企图利用人类补完计划，消灭这一切的“罪孽”。
最后真嗣成为了神？
不能算作神，无非是莉莉斯&亚当共同体那一刻选择了让他作为未来世界生命走向的主导，即以后的世界由真嗣来决定。这之后，莉莉斯&亚当共同体解体，真嗣还是作为人类的遗留生存下来的。PS：此时成为LCL的人类如果有“生的意识”能够回想起身体，是可以恢复人形的。
为什么到了后面两集完全脱离了原来的世界？
现实来说是由于制作经费奇缺。结局来说，人类补完计划中，人类的社会存在与否已经不是重要的了，重要的是此刻人心的隔阂和缺点是如何被克服的。【其实这一点庵野秀明做的挺好的，要不是钱不够……也不会有后面什么恐吓信啦，G社门口写死字啦之类的事情了……】

我觉得lz可以再好好看看TV版吧……毕竟小学看的天X战士恐怕不会告诉你你想要的
旧剧场版看上两三遍估计就差不多了，也可以看看楼上大神的