强力的《旋风》《激流葬》《死之卡组破坏病毒》《第六感》被限制。
能够通过连续技瞬间烧尽对方手札的《神殿を守る者（神殿守卫者）》《变形壶》被限制。
《注射天使莉莉》《电子壶》《纤维壶》《苦涩的选择》《变心》从禁止卡缓和为限制卡。
电子壶的解放导致了【MCV】与【Vドラコントロール（VDRACONTROL，胜利龙CONTROL）】的诞生，《胜利龙》在它们之中成为了一击结束MATCH的破坏神。
2004年9月23日 《EXPERT EDITION Volume.1》发售
《新たなる支配者》《ユニオンの降临》《黒魔导の覇者》《ガーディアンの力》《暗魔界の胁威》复刻。
2004年10月3日 书籍《MASTER GUIDE》发售
附属卡是《死霊ゾーマ（死灵佐玛）》与《地缚霊の诱い（地缚灵的诱惑）》。
2004年10月6日 动画《游☆戯☆王デュエルモンスターズGX（游戏王决斗怪兽GX）》开始播放
由NAS制作，在テレビ东京系电视台播放。继承了原作的世界观，原创了新的主角、配角与故事。
于2008年3月26日完结。共180话。
2004年11月25日 《FLAMING ETERNITY》发售
拥有自己再生·魔法陷阱全体除去能力的效果怪物《ネフティスの凤凰神（奈芙提斯之凤凰神）》登场，在这时显得非常强大。
丢弃一张手札来发动的良好的复数怪物除去通常魔法卡《ライトニング·ボルテックス（闪电旋涡）》登场。
优秀的怪物除去·情报获取陷阱卡《魔のデッキ破壊ウイルス（魔之卡组破坏病毒）》登场。
能期待用来对抗OTK的优秀防御陷阱卡《威吓する咆哮（威吓之咆哮）》登场。
《レスキューキャット（救援猫）》登场，当时仅是兽族的一般辅助卡。
第四位帝——《地帝グランマーグ（地帝 格兰玛格）》登场。贫弱的能力使其成为待遇最悲惨的帝。
融合咒印生物系列登场。
抽卡·手札替换陷阱卡《ゴブリンのやりくり上手（哥布林的经营手腕）》登场，不久利用非常食与复数此卡组成的【やりくりターボ（经营TURBO）】大量抽卡的卡组诞生。
龙族优秀的最上级融合怪物、能保护自身在内的龙族怪物免遭取对象效果影响并能加速其展开的《竜魔人 キングドラグーン（龙魔人 龙骑士之王）》登场，成为弗兰肯和突然变异的新目标。
2004年12月9日 《ストラクチャーデッキ－ドラゴンの力－（STRUCTURE DECK 龙族之力）》《ストラクチャーデッキ－アンデットの胁威－（STRUCTURE DECK 不死族的威胁）》发售
从此STRUCTURE DECK有了主题的概念。
不死族的威胁是收录同名卡最多的STRUCTURE DECK，卡组完成度在同类中显得相当高。
2004年12月9日 《BEGINNER'S EDITION 2》发售
《DUELIST LEGACY Volume.3》《DUELIST LEGACY Volume.4》《DUELIST LEGACY Volume.5》及《イリュージョンの仪式（幻想的仪式）》复刻。
2004年12月9日 《ストラクチャーデッキ - デラックスセット - Volume.2（STRUCTURE DECK 上级者套装 第二部）》发售
收录胜利龙一张、《BEGINNER'S EDITION 1》《EXPERT EDITION Volume.1》《STRUCTURE DECK－海马编－ Volume.2》《STRUCTURE DECK－マリク编－》各一套、蓝色及紫色卡套各50个。
2004年12月15日 《游☆戯☆王デュエルモンスターズ 光のピラミッド（游戏王决斗怪兽 光之金字塔）》小说版发售
抽奖活动选出的玩家得到了英文版的《青眼の光龙（蓝眼光龙）》与《ワタポン（棉花球）》。
2004年12月18-19日 ジャンプフェスタ2005开幕
在幕张展览馆开幕。《PREMIUM PACK 8》在会场先行发售，共5张。
当日大会的规则还是乱成一团。KONAMI的裁判还是在现场各种口胡。据资深决斗者反映，4年间KONAMI的裁判在他参与的决斗中做出了150次误判。
2004年12月30日 GBA平台的《游戯王デュエルモンスターズインターナショナル2（游戏王国际版2）》发售


巨大战舰系列登场。
将自己墓地5只怪物返回卡组来发挥强欲之壶效力的《贪欲な壶（贪欲之壶）》登场，使用魔导杂货商人堆积墓地来满足其发动条件的【雑货贪欲ターボ（杂货贪欲TURBO）】开始开发，这类卡组里开始使用大量怪物卡。
大量展开LV2以下通常怪物的永续陷阱卡《同姓同名同盟》登场，新的战术得以开发。
LEVLE7融合怪物《サイバー·ブレイダー（电子化冰刀手）》登场。利用《扰乱三人组》《地盘沉下》《可变机兽 炮手龙》《突然变异》及此卡即可达成难攻不破的怪物·效果完全LOCK。
在上述LOCK达成后以《光之护封壁》阻止对手自杀、以《现世与冥界的逆转》防止双方卡组耗尽、以BURN卡或LP回复卡调整LP，即可达成MATCHKILL。
此种MATCHKILL卡组的创始者、日本决斗者newslime将其命名为【トランス】，是为了表现现冥的永远轮回而选用了英文单词transmigration（轮回转生）。
在此种卡组面前，不愿被MATCHKILL的决斗者纷纷推倒自己的卡组来故意输掉决斗，导致了许多灾难性的失格判罚。
2005年8月25日 《ザ·ヴァリュアブル·ブック8（大图鉴8）》发售
附属卡为《破壊竜ガンドラ（破坏龙 甘多拉）》《死霊骑士デスカリバー·ナイト（死灵骑士）》。
2005年9月1日 制限改订
风靡于世的【变异混沌】受到猛烈打压。
《混沌战士 开辟的使者》被禁止，混沌双神归于静寂。从此使用《カオス·ソーサラー（混沌巫师）》的卡组被称为【カオス】卡组。
强劲的《杀手蛇》《天使的施舍》、《爱恶作剧的双子恶魔》《破坏轮》和《圣防护罩-反射镜力》被禁止。
强劲的《突然变异》《千眼纳祭神》《深渊的暗杀者》《月读命》《月之书》《替罪羊》《限制解除》被限制。
《ブラック·ホール（黑洞）》和《押收》从禁止卡缓和为限制。
《黑蝎-飞速逃跑的齐克》《吸血鬼领主》《切入敌阵的队长》制限解除。
天使的施舍和双子恶魔变成了禁止卡，导致暗黑界暂时无人问津。
这是【除去齿轮】【遗言混沌】【狮子黄泉帝】【MCV】等群雄割据的时代。
2005年下半年 规则变更
【MCV】【トランス】等OTK卡组、MATCHKILL卡组制压环境，导致了新规则的制订：每回合的战略思考时间不应超过3分钟，超越比赛时间（40分钟）后以エキストラターン（额外回合）决定胜负。
一回合行动十几分钟来进行LOOP的卡组、故意拖延比赛时间来获取MATCH胜利的卡组遭到规则打压。可是胜利龙继续在【Vドラコントロール】中扮演着MATCH终结者。
而且，利用额外回合的规则，新的MATCHKILL卡组【エキストラウィン（ExtraWin）】诞生了。
此种卡组利用《光之护封壁》《自爆开关》迅速达成三连平局，然后在额外回合用《最终一战！》、BURN卡、LP回复卡等取胜而达成MATCHKILL。
当然，能用《最终一战！》在决斗中取胜的场合也绝不会放过机会。
【エキストラウィン】的名称与风灵使是无关的哦。
2005年下半年 《エターナルRパック （元素R包，即LIMITED EDITION 8）》开始配送
参加《VJUMP2005年8月号》进行的活动的人们得到了4张卡，包括《アルカナ ナイトジョーカー（天位骑士）》与丢弃魔法卡从卡组特殊召唤4星怪物的4星怪物《召唤僧サモンプリースト（召唤僧）》。
2005年9月22日 《ストラクチャーデッキ－魔法使いの裁き－（STRUCTURE DECK 魔法使的裁决）》发售
《黒魔导の执行官（黑魔导之执行官）》登场。
复刻了市场上货源近乎枯竭的《魔导战士 破坏者》《月读命》《次元魔法》。
复刻了《魔法之筒》《死亡魔术箱》。
收录了《神圣魔术师》《过早的埋葬》《活死人的呼声》《混沌巫师》《旋风》《大岚》等强力卡片。
收录了魔法使族良好的下级怪物《熟练的黑魔术师》《见习魔术师》。
在此卡包发售时，其包含的卡有7种类曾经进过禁止限制卡列表。


此卡包发售后魔法使族达到了全盛期，魔法使族下级怪物成为【混沌】的成员。不过比较可惜的是此卡包没有收录《混沌的黑魔术师》。
据资深决斗者反映，此卡包曾在北京卖到140元一个（其它SD是100元一个），他等到2006年下半年降价至100元一个才买。
2005年10月13日 《游戯王デュエルモンスターズGX めざせデュエルキング！（游戏王决斗怪兽GX 目标是决斗王！）》及其攻略本发售
号称收录了系列最多的1200张卡，其实大部分是凡骨；BUG和规则错误倒确实是历代最多的。
游戏附属卡3张。攻略本附属卡1张。
2005年10月13日 DUEL DISK发售
决斗盘。不能使用卡套。当然，也没有立体化投影之类的火星科技。
附属卡1张，附送《STRUCTURE DECK－游戯编－ Volume.2》。
2005年10月20日 《デュエリストパック－十代编－（决斗者包 十代篇）》《デュエリストパック－万丈目编－（决斗者包 万丈目篇）》发售
最早的决斗者包。十代包是个E·HERO堆，卖点是容易入手《融合》。万丈目包是个杂堆，卖点是容易入手XYZ系列、《地狱の暴走召唤（地狱的暴走召唤）》与《打ち出の小槌（万宝锤）》。
2005年11月17日 《SHADOW OF INFINITY》发售
这是第一个没有收录通常怪物的普通卡包。
三幻魔《降雷皇ハモン（降雷皇哈蒙）》《神炎皇ウリア（神炎皇乌利亚）》《幻魔皇ラビエル（幻魔皇拉比艾尔）》）登场。
最强的仪式怪物《终焉の王デミス（终焉之王迪米斯）》登场。
与迪米斯共用仪式魔法的《破灭の女神ルイン（破灭之女神露茵）》登场。
上述两张卡对应的仪式魔法《エンド·オブ·ザ·ワールド（世界末日）》登场，但它并不是迪米斯日后叱咤风云时使用的仪式。
《デビルドーザー（恶魔铲土虫）》登场。这时没有人想得到它日后的表现。
《黄泉ガエル（黄泉青蛙）》登场，成为【帝コントロール（帝CONTROL）】和【推理ゲート（推理门）】等卡组的利器。【黄泉帝】卡组出现。
《継承の印（继承之印）》登场，这时只不过是极难发动的苏生卡。
2005年12月1日 《ACADEMY DUEL DISK》发售
决斗盘。体积异常巨大。可以使用卡套。还是没有立体化投影之类的火星科技。
附属卡4张，附送《デュエリストパック－十代编－》《デュエリストパック－万丈目编－》各5包。
2005年12月8日 《ストラクチャーデッキ－守护神の砦－（STRUCTURE DECK 守护神之砦）》发售
地属性、岩石族主题。复刻了长期绝版的《和睦的使者》，但是新卡只有3张。
是SD1以来的STRUCTURE DECK中第一个没有大岚的（下一个没有大岚的STRUCTURE DECK是SD13。从SD13开始到2010年初的SD系列均没有大岚），不过收录了与大岚效力相当的《ギガンテス（基冈提斯）》。
2005年12月8日 《EXPERT EDITION Volume.3》发售
《SOUL OF THE DUELIST》《RISE OF DESTINY》《FLAMING ETERNITY、THE LOST MILLENNIUM复刻。
2005年12月17日 漫画版《游☆戯☆王GX》开始连载
2005年12月17-18日 ジャンプフェスタ2006开幕
《PREMIUM PACK 9》在会场先行发售。普通发售在2006年3月。共10张，包括机械族最上级特殊召唤怪物《マシンナーズ·フォース（机甲武装）》等机甲系列。
还是一如既往的混乱规则。还是一如既往的糟糕裁定。
有决斗者质问KONAMI：在今年世界大会上出的丑还不够么？
2006年1月19日 《BOOSTER PACK COLLECTORS TIN 2006》发售
收录《E·HERO スチーム·ヒーラー（元素英雄 蒸汽医治者）》一张、《CYBERNETIC REVOLUTION》《ELEMENTAL ENERGY》《SHADOW OF INFINITY》《デュエリストパック－十代编－》《デュエリストパック－万丈目编－》《EXPERT EDITION Volume.3》各1包。
2006年1-2月 《Vジャンプ2006年2月号（VJUMP2006年2月号）》发售