其实和大多数哺乳动物相同，蜜袋鼯也可能感染细菌，霉菌， 病毒或寄生虫性疾病。以下仅就较特别的病症绍。
1 白内障
　　有些幼鼯，出生就为先天性白内障(瞳孔看起来是白色，或混浑)。造成白内障的原因可能为遗传性疾病，不过兽医发现，怀孕期过度肥胖的雌鼯，或者该期营养不良，如饮食缺乏维他命A，血糖过高(可能原因为雌鼯患有糖尿病，或者饮食内容糖份过高)，都容易产下患有白内障的幼鼯。
2 角膜受伤
　　由于蜜袋鼯常在树林间滑行，加上眼睛又大又突，所以不慎发生擦撞时，较易造成眼角膜受伤。(这种情形与眼睛蜜袋鼯较突的北京狗，巴戈犬类似)
3 牙结石与牙周病
虽然蜜袋鼯长着和兔宝宝一般的大门牙，但蜜袋鼯的门牙并不会像啮齿类动物或兔子一样不断的生长。所以它们不需要一直啃咬东西，以保持门牙适度的长短。 然而人工 饲养的蜜袋鼯，由于食物内容多变偏较性，所以蜜袋鼯较易得到牙结石及牙周病。这种时候，就需由兽医师为它们进行口腔清洁的治疗了。
4 肠炎、脱肛
小型哺乳动物较容易因感染肠炎，(细菌性，寄生虫性，病毒性等病因)严重下痢，脱肛，也就是说，在**外头，挂着一截红通通的“肉”。这时需尽快进行医疗行为，免得脱出的肠管发炎，甚至坏死。肌肉无力，后肢麻疹： 　　如同先前提及，蜜袋鼯可能因缺钙，缺乏维他命A，E，D等营养，而发生肌肉无力，甚至痉挛，麻痹等病症。
5 肿瘤
　　蜜袋鼯较容易得到淋巴系统的肿瘤疾病。这类肿瘤可能破坏脾脏，肝脏，肾脏等器官，死亡率不低。
6 育儿袋发炎、皮肤炎
　　因为营养不良，饲养环境卫生差，感染等原因，蜜袋鼯也可能得到皮肤病。育儿袋也可能因感染细菌或霉菌而发炎。
7 自残，创伤
　　生活过于无聊，紧迫，饲育环境不佳，夫妻感情失调的蜜袋鼯，可能出现自残行为。此外，因为争夺地盘或伴侣，蜜袋鼯也可能短兵相接。这类咬伤或抓伤的伤口，都需予以治疗，且彻底检讨伤亡诱因，并改变饲养方式。 　　除了自我或被同伴咬伤外，也需提防狗猫等略食者的伤害。