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作为传统针灸学中玄奥的组成部分，子午流注针法在临床应用上有一个非常显著的特点，即把时间作为选穴的惟一条件，不管何种疾病，都要按时取穴。
　　很明显，子午流注针法的施治原则与中医传统的辨证施治有着根本的不同。子午流注针法强调时间因素对针灸效应的影响，强调人体经脉的气血周流随着时间的不同而有着盛衰开合的变化，强调把握时间，按时取穴，可以获得更好的疗效，因而把时间因素和针灸施治紧密结合在一起，以阴阳五行的生克变化来推算人体气血的流注开合和所相应的经脉穴位，从而构成了传统针灸学中一个颇具特色的应用体系。

　　1.子午流注针法中的独特思想和丰富内容，深刻地展示了中医的系统观念和强调事物间相互联系的思维特点。
　　按时取穴的学术思想，是中国传统医学领域的一项卓越成就，反映了古人对针灸时间效应规律性的认识；而子午流注的各种具体方法，则体现了古人在当时的历史背景下，企图把握这种时间效应规律性的不同尝试。毫无疑问，子午流注针法的开穴原则充分考虑了天干地支、阴阳五行、脏腑气血、经络腧穴各个方面的相互联系，诸多因素的有机综合使得子午流注针法具有了系统的理想配置和近乎完美的外在表现形式。子午流注针法中的独特思想和丰富内容，深刻地展示了中医的系统观念和强调事物间相互联系的思维特点。
　　2.子午流注针法的流注开穴带有单纯循环的机械推演特征。

　　由于过分强调局部的综合以及外表形式的完美性，子午流注针法的流注开穴不可避免地带有单纯循环的机械推演特征。为了把天干地支、脏腑气血、经络腧穴联系在一起，具有广泛兼容性的阴阳五行学说被固定成为推算流注开穴的具体框架。因为只把古代的天干地支记时作为固定不变的主要条件，不同的病种、不同的病情、不同的个体之间的差异已不再是临床上需要考虑的重要方面，这样子午流注针法的按时取穴原则便与传统中医的辨证施治原则背道而驰，从思辨性的理论概念推导出的具体结论也很难与临床医学的实践经验相一致。在子午流注针法的开穴方法中，实际的临床验证过程被完全忽略了。概念代替了结论，思辨代替了经验，哲学化的思维方式占了主要地位。

　　3. 应一分为二看待子午流注针法。
　　应该看到，受到历史条件的局限，古人的思想正确，其具体方法则不一定正确。按时取穴有着合理的科学内涵，但古人在把按时取穴的理论思想加以具体化的过程中，哲学性的思维直接进入到经验的层次，理性的概念变成了具体的实践结论，由此而产生的子午流注针法，其中的缺陷是显而易见的。
　　按时刺灸的科学价值已经愈来愈广泛地引起国内外学者的重视，但主观想象和机械推理的思维方式却是造成各种时间针法无法完全和临床实际相符的主要原因。我们应给予一分为二的客观评价。