【特务机关NERV】【特务机关ネルフ】
由国联直属的非公开组织，也是超法规的武装集团。表面上其任务是为了预防"第三次冲击"以及对使徒进行调查、研究、歼灭的工作，但实质的目的是执行"人类补完计划"。其前身是在"第二次冲击"后创立的人工进化研究所，也可称作" GEHIRN" (在德语中意为"脑" )。2010年，MAGI电脑系统完成后，改组为NERV(德语中意为"神经" )。最高执权者是基路·罗兰兹，最高司令宫碇元渡，副司令为冬月。本部位于第3新东京市的地下，以下所属有战术作战、技术开发、特殊监察与保安谍报等部门。之外，在世界各国亦有诸多的分部，是个跨国界的庞大组织。在NERV标志的下面有半圈字，是“God is in his heaven， all right with the world.”它是英国诗人ロバト所作，意思是“神不为者，人为之。”

【Mardock机关】
这是为了选拔EVA驾驶员而设立的一个咨询机构， 直属于人类补完委员会。在记录上，适格者们都是由此机关加以甄选审核之后才送到NERV的，唯一的例外是第五适格者。不过，根据暗中潜入NERV内部做调查的加持所得到的情报显示，跟这个机构有关系的108家公司中，有107家都只是挂名的空头公司。在遮遮掩掩的障眼法背后，似乎意味着EVA操纵者的产生过程有相当的隐情。或许Mardock机关背后的正体就是NERV，更或者是碇司令本人也说不定。Mardock是古代美索不达米亚神话中开天辟地的神， 将象征浑沌的怪物之母提亚马特杀死，并用其死后遗留下来的身体创造了世界，后来的人类身上也有他的血缘存在。

【HUMAN AID PROJECT】【人类补完计画】
由SEELE、人类补完委员会与碇元渡依照《死海文书》《里死海文书》中的记录来推进计划的步伐共同推进的极密计划，目标是“为了封闭的人类再生的通过仪式”，决定未来人类进化与发展的方向，具体内容不明。

【ANGELS】【使徒】
在《新世纪福音战士》中的使徒指类似人类而又优于人类的生命体。它们是由分散到世界个地的神的能源，经人类而又优于人类的生命体。它们是由分散到世界个地的神的能源，经过14年的时间而产生的。作为人类的敌人，持有超科学的特殊能力与众多无法解开的谜，其外形由巨人型，鱼型，正八面体等无一相同。所有使徒都以第三新东京市为侵略的目标，因为那里有亚当的分身莉莉斯，当它们再度融合就会发生第三次浩劫。直到渚薰见到莉莉斯时才发现那并不是亚当。它们的周身笼罩着“绝对领域”，现代化兵器无法伤它分毫。特别是它们的自我修复能力与自我增殖机能，使人类一切的战斗防御设施望尘莫及。使徒的固有波形信号呈蓝色，其物质构成与人类的遗传因子构成有99.89%酷似的地方。唯一的弱点，可能是作为动力源的红色球体S＾2机关，一旦破坏，使徒的行动中止。此红色球体有时在使徒体外，有时隐匿于体内，也有分离的记录。根据前后顺序使徒共分17位，各自以圣经天使的名字为它们命名。

【SECOND IMPACT】【セカンドインパクト】
于西历2000年9月13日发生的世界规模大灾害。当时国联宣布其原因是由于在南极大陆的玛卡姆山，有大质量的陨石以光速数倍的速度冲击所造成。这是自从40亿年以来，继造成恐龙灭绝的行星撞击之后灾害最深重的一起天灾，故称之为"第二次冲击"。但其真相，并未有陨石落下，而是南极调察团自名为亚当的神的胸口，拔起了隆基亚斯之枪，造成了他的苏醒。枪被拔出后，苏醒过来的亚当放出了巨大的能量，扩散开来。SEELE与元渡将觉醒来的第一使徒亚当还原成最初状态把受害程度降至最小的结果。其造成的大爆炸中心，出现过四枚巨大的翅膀，受其影响，南极融化，地轴扭曲，地球气候变更，人口减半... ...那一日，是人类的灾难日。也是渚薰的诞生日。

【MAGI－SYSTEM】【マギシステム】
由赤木尚子博士开发的，搭载有人格移植OS的超级电脑系统。它由三台独立完成思考的电脑组成，并以东方三圣者命名，为MELCHIOR·1、BALTHASAR·2、CASPER·3、其中分别被移植入赤木博士作为科学家，母亲与女性的三种思维模式。向MAGI提出的问题，由三台电脑协议以多数通过。同时，拷贝MAGI的系统，在美国，中国与德国等许多国家都有使用，其作用，可将国家建设的支出降至最小。当然，NERV的MAGI系统，主要用于NERV的管理与对使徒的作战分述。

【隆基诺斯之枪】【ロンギアスの枪】
A^10神经，恋人、母子之间的心灵藉此而紧紧相连，即是分隔自我的心之壁亦无法将之隔绝。隆基亚斯之枪，将使徒们具象化的心之壁视若无睹地穿透的最强兵器，A^10神经的具象化。由碇元渡他们从南极回收来，由零号机将其刺在固定于NERV基地最下层中央教条的莉莉斯的胸口。之后，用于攻击位于卫星轨道上的第十五使徒ARAEL，现在浮游于月表，成为回收不可能的状态。SEELE完成"人类补完计画"所必须的这杆枪失去之后，他们不得不更改计划。另一方，碇元渡排除了阻碍他个人计划(详细不明)的这支可轻易刺穿A·T·FIELD的枪。剧场版《EVA》中的量产型EVA，也有使用隆基诺斯枪的拷贝版本作为兵器，用于攻击初号机的A·T·FIELD。隆基诺斯这个单词，来自于圣经中用枪刺被缚于十字架上的耶稣的士兵的名字。

【A·T·FIELD】【A·T·ブイ-ルト】
ABSOLUTE TERROR FIELD的缩写。主要把使徒与EVA战斗时产生的防御罩，其防御力使人类的一切兵器都无法发挥效用。直译为"绝对恐怖的领域(简称"绝对领域" )或"绝对不可侵犯的领域"。第十七使徒渚薰对其解释为"任何人也无法侵犯的神圣领域”、"心之光"、"在谁心里都存在的心之壁"。因为形成的原因是空间相对位移，所以除了防御之外，也可作为攻击性的武器来使用。

【莉莉斯＆李林】【リリス＆リリン】
在犹太教的法典记载有"亚当与第一位妻子莉莉斯生下了恶魔之子李林"。而旧约圣书·创世记中也有"亚当用自己的肋骨制造了他的第二个妻子夏娃(EVA)"的记录。于NERV本部的最下层禁区的十字架上，有一个白色的、拥有七只眼的巨人，后被第十七使徒渚薰证实为莉莉斯。原先她只有上半身，但隆基诺斯之枪被拔去后，开始长出足，而且腹部开始膨胀，有妊娠迹象。至于渚薰提到的李林，指的应当就是人类。

【S2机关】【SUPER SOLENOID机关】
被称作"使徒之核"的中枢部分，外形通常为红色球体，理论上是可以永久运作的半永久机关，几乎所有的使徒都内藏有该物体，一旦遭到破坏，使徒行动中止。对于内藏电源只能支持活动5分钟的EVA，如果搭载上S2机关后，同样能无限制活动。

【LCL】【LINK CONNECTED LIUID】
注入EVA驾驶舱的黄色的、有血腥味的粘稠液体。驾驶员搭乘后，由电核重组分子组成，将驾驶员的神经与EVA连接，向驾驶员肺部直接提供氧气，同时，还可以在战斗时减缓物理冲击，隔绝精神攻击，担负生命维持的任务，其存在的形态，今人联想到羊水。

【死海文书】
1947年一个牧羊童在死海西北端的昆兰地区洞窟的大瓮中发现的大批羊皮纸卷，后来引发一些调查队去调查寻找，找到了更多的资料。考古学家进行大规模的挖掘和搜索，一共获得古卷六百余卷及成千上万的文物残片，以放射性同位素测得确认其年代于公元前167至233年之间，是世界现存的最古老的《圣经》抄本。现今大部分是由以色列博物馆当“国宝”收藏。之所以称为卷，是因大多是书写在兽皮上， 而且因年代的关系，大多已成碎片，而且大多和邮票差不多大。《死海文书》全古卷卷帙浩繁，共用希伯来文、亚兰文、希腊文、拉丁文四种文字写成，内容可分为两大部分。第一部份是希伯来的《圣经》、《次经》、《伪经》的抄本，第二部份是昆兰社团成员遗留下来的各种文献，可分为《训导手册》、《圣经注释卷》、《战争卷》、《感恩卷》、《圣殿卷》五部份。它的内容与圣经有部分相异，还有有很后来才放入的文献和一些像是“理论”的文献。除了现今可以对照确定的部份外，到底是当时的恶作剧或是某教派教徒的著作， 难以确定。在《新世纪福音战士》中描述的《死海文书》主要涉及使徒的出现与人类，在最终章节记载了“约束之日”时第三次浩劫会降临，所有的人类完全灭亡。

【里死海文书】
《里死海文书》是Seele 执行“人类补完计划”的具体规程，里面详细记录了计划的全部过程。Seele 为了阻止神毁灭他们所建造的千年王国，决定要背叛神，消灭使徒。他们是想将EVA与亚当置于自己的支配之下， 利用其为兵器，在地上建立神国。碇源堂、冬月幸增、碇唯看穿了 Seele 的目的，不断破坏计划。Seele的再生计划虽然持续的进行着，但钉在十字架上的莉莉斯已不再有灵魂，不但欺瞒了 Seele，也骗过了使徒。但执行仪式用的御制亚当的隆基亚斯之枪被意见分歧的碇源堂以与使徒作战不得已的借口，由零号机抛到了月球轨道，处于不可回收的状态。Seele也已无法对亚当作任何的控制了。 所以到最后Seele索性将使徒直接送来， 想令莉莉斯以自爆来消灭NERV。

【卡巴啦生命树】【セフィロトの树】
在《新世纪福音战士》的片头出现的树状图案，有十个圆和22条线。
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“卡巴拉”一词源于阿拉姆迦勒底语，意思是“口述传统”。这个概念为由中世纪的犹太神秘主义者犹太教教士“拉比”所创，他将过去古代的知识，以数字和字母的方式加以结合，做为解答宗教哲学问题上之依据。后来犹太教徒更进一步将事物的起源区分为经由二十二种路迳环环相扣的十个数字，每个数字都对应一个希伯来文字母，具体的分类图表则用生命之树来表示。这种说法到了16世纪，已被发展成类似基督教型式的哲学理论。
对于卡巴啦生命树的看法，一般都认为生命树中的十个球面代表神的十个面，其左边代表男性，右边代表女性，而中间则是两者和协地带，对其信徒而言，那十个球面亦代表人类所能够取得的能量中心。这是古代宗教家发展出来关于“神”的观念，以石炭和火焰来做比喻，人在黑暗中是无法分辨出黑炭的存在的，但是一旦黑炭燃烧放出光芒，人们就可以发现他的存在，可是火焰只是黑炭所表达出来的性质中的一种，决不能代表黑炭的全部。古代的思想家认为“神”也是这样子的存在，因而设计了十种阶段的神的属性，称之为“卡巴啦”，而连结这十种属性的流出经路的结构，就称为“卡巴啦生命树”。
此外有些占卜者将塔罗牌的22张牌与生命树的二十二条路径混合起来讨论。其中十个球的意义如下：
1.ケテル：超越、言叶、神の本性
2.ホクマ：知惠、纯粹理性、创造原点
3.ビナ－：知性、实质的理性、创造之泉
4.ヘセド：爱、慈悲、恩宠、伟大
5.ティ－ン：法、神的权力、恶的发现、怒
6.ラハニ－ム：慈悲、调停、美
7.ネ－ツァハ：永远、膨胀、胜利
8.ホド：尊严、收缩、荣光
9.イエソド：基础、万物的基础、神的创造力
10マルクト：王国、物质、人