据调查显示，目前我国中药材质量存在以下问题：
一、种属不清
种属是决定中药材质量的内在因素，不同种属的药材成分、药效不尽相同，甚至差异很大。在药材品种方面，以往有一定的研究，例如，我国药典收载的大黄为掌叶大黄、唐古拉大黄和药用大黄，秦艽收载了秦艽、麻花秦艽、山秦艽和粗茎秦艽。但是，对一些品种的变种则研究不够。一些专家研究表明，我国药材的化学多样性比较常见，即存在不同的化学型，例如野生薄荷有薄荷酮型、胡薄荷酮型、香芹型等六个化学型，药用质量差距很大。此外，资源科学化学的发展，正在为区分不同种属药材之间不同化学成分提供更科学的依据。但是，与种属客观差异相对应的实际情况是：不加区别的采挖、种植、使用，药材内在的质量不可避免地存在先天不足。

二、科学的种植、加工技术被忽视
药材是供药用的特殊商品，优良的栽培、加工技术才能保证药材的内在质量，因此在栽培年限、采收部位、采收期和加工方法等方面都有相应的要求。但是为了片面追求经济利益，这些技术往往被忽视，较为典型的例子是“杀青”。大黄不是要六年后采挖、黄芪不是要栽培五至七年吗？等不及了，缩短为三年。党参现在也改为两年采挖，而且连手揉板搓的工序也省略了。

三、药材种植遇到“农残”问题
“农残”问题是随着药材种植业的不断扩大而逐步受到重视的。种植业必然会遇到病虫害的问题，药材也不例外，例如人参有黑斑病、枸杞有蛀蛾等等。在目前实际防治中，由于缺乏规范管理，经常不顾毒性，滥用农药。如种植枸杞时使用呋喃丹、1605等剧毒农药，甚至在采果期使用。最近有报道指出，美国在人参样品中检出农药残留五氯基甲苯，已向FDA报告。原本用农药防治病虫害无可厚非，但滥用农药已严重影响到药材的药用安全性，就必须严肃对待、管理了。

五、野生药材质量下降
长期以来，不同程度的掠夺性采挖，给野生药材资源带来了极大损害，许多药材不仅数量稀缺而且质量下降。许多药材特别是贵重药材往往是“越贵越采，越采越少，越少越差”。以杜仲、厚朴、黄柏三种木质药材为例，不分大小乱砍乱伐，甚至连收树种的成年树都所剩无几。还有野麝，几乎被一网打尽，现在麝香的质量连科研需要都很难满足。再如西藏虫草，现在价格涨到每斤几千元，质量明显不如以前。