目前深圳地铁已开通5条线路共178公里，包括罗宝线（原1号线）、蛇口线（原2号线）、龙岗线（原3号线）、龙华线（原4号线）以及环中线（原5号线）。
　　每一条线路均可换乘其他的线路。

罗宝线　　负责公司：由深圳地铁集团负责运营
　　车站：罗湖－国贸－老街－大剧院－科学馆－华强路－岗厦－会展中心－购物公园－香蜜湖－车公庙－竹子林－侨城东－华侨城－世界之窗－白石洲－高新园－深大－桃园－大新－鲤鱼门—前海湾－新安－宝安中心－宝体－坪州－西乡－固戍－后瑞－机场东。
　　线路全长：40.979km
　　全程运行时间：约67分钟
　　其他说明：罗湖口岸至世界之窗段为一期工程的一部分，线路长17.1公里，于2004年12月28日开通运营；世界之窗至深圳机场段为近期优先发展线路，长23.37公里，投资约89.18亿元，其中，世界之窗至深大站为共和国献礼于2009年9月28日开通运营，深大至机场部分与2011年6月15日开通运营。

蛇口线　　负责公司：由深圳地铁集团负责运营
　　车站：赤湾－蛇口港－海上世界－水湾－东角头－湾厦－海月－登良－后海－科苑－红树湾－世界之窗－侨城北－深康－安托山－侨香－香蜜－香梅北－景田－莲花西－福田－市民中心－岗厦北－华强北－燕南－大剧院－湖贝－黄贝岭－新秀。
　　线路全长：35.748km
　　全程运行时间：约68分钟
　　其他说明：规划近中期发展的线路为蛇口西站至世界之窗，长14.21公里，投资约57.58亿元。于2010年12月28日开通运营。

龙岗线　　负责公司：由深圳龙岗线投资有限公司负责运营
　　车站：益田－石厦－购物公园－福田－少年宫－莲花村－华新－通新岭－红岭－老街－晒布－翠竹－田贝－水贝－草埔－布吉－木棉湾－大芬－丹竹头－六约－塘坑－横岗－永湖－荷坳－大运－爱联－吉祥－龙城广场－南联－双龙。
　　线路全长：41.7km
　　全程运行时间：约70分钟
　　其他说明：规划近中期发展的线路为红岭中心至龙兴街，长32.70公里，投资约118.29亿元。2011年6月28日开通运营。

龙华线　　负责公司：由深圳地铁集团（至2010年6月30日）、港铁（深圳）公司（由2010年7月1日开始）负责运营
　　龙华线全长约20.5公里，共15个车站，并在龙华专设车辆段1座，长约16公里，包括约5公里地下段和约11公里地面段及高架段，设有10个车站，包括2个地下车站（莲花北、上梅林）、3个隧道区间，1个地面车站（民乐）和7个高架车站（白石龙站、深圳北站、红山站、上塘站、龙胜站、龙华站、清湖站），2011年6月16日全线开通。是国内迄今唯一一条采用建设—运营—移交的BOT方式由港铁投资、建设、运营的轨道交通项目，是CEPA正式实施以来深港两地合作的第一个大型基础设施建设工程，亦是落实CEPA协议，探索深港合作建设项目新模式的开创性尝试。
　　车站：福田口岸－福民－会展中心－市民中心－少年宫－莲花北－上梅林－民乐－白石龙－深圳北站－红山－上塘－龙胜－龙华－清湖
　　线路全长：20.5km
　　全程运行时间：约32分钟
　　其他说明：其中皇岗口岸至少年宫段为一期工程的一部分，线路长4.5公里，于2004年12月28日开通运营；少年宫至龙华新城中心段为近期优先发展线路，长16.41公里，投资约51.42亿元。其余段在2011年6月28日开通运营

环中线　　负责公司：由深圳地铁集团负责运营
　　车站：黄贝岭－怡景－太安－布心－白鸽笼－布吉－长龙－下水径－上水径－杨美－坂田－五和－民治－深圳北站－长岭坡－塘朗－大学城－西丽－留仙洞－兴东－洪浪北－灵芝－翻身－宝安中心－宝华－临海－前海湾。
　　线路全长：40.001km
　　全程运行时间：约68.5分钟
　　其他说明：于2011年6月22日开通试运营

地铁线路更名　　深圳地铁于2008年4月24日经人民政府批准正式为前5条线路更名：
　　原1号线更名为罗宝线
　　原2号线更名为蛇口线
　　原3号线更名为龙岗线
　　原4号线更名为龙华线
　　原5号线更名为环中线
　　龙华线(4号线)的皇岗站因产生误解，乘客以为皇岗口岸站，故更名为福田口岸站。