高校就读结束后，林书豪曾将自已的比赛画面剪辑成DVD影碟，寄送给所有的常春藤盟校、柏克莱加州大学、斯坦福大学以及UCLA等以争取入学机会。之后哈佛大学及布朗大学出面保证能让林书豪在校队有一席之地，林书豪选择进入哈佛大学。
林书豪赛场英姿(40张)　　当时NBA金州勇士队老板及身任斯坦福大学校内体育俱乐部负责人乔·拉可伯（Joe Lacob）曾对于斯坦福未录取林书豪一事感到不解。而UCLA校队助理柯利·基廷（Kerry Keating），认为林书豪未具有在大学比赛胜任首发的能力。前NBA选手、现任旧金山洲立大学男篮校队教练雷克斯·沃尔特斯（Rex Walters）则表示现今NCAA注重跑得快、跳得高的比赛风格限制了林书豪被物色的机会。林书豪表示希望其他人能够多花一些时间观察自己在球场上的表现。 　　在林书豪申请进入哈佛时，校队助理教练比尔·霍顿（Bill Holden）观察林书豪的体格及高校成绩皆能符合学校的需求，但认为不具备其它特别出色的地方，而曾向林书豪当初的高中校队教练彼得·丹佩布洛克（Peter Diepenbrock）表示林书豪的能力约在NCAA第三层级。之后比尔·霍顿在实际几场练习赛后，才确信林书豪有在NCAA第一层级上场的能力。 　　一位哈佛大学的教练记得在林书豪的一年级赛季里“是球队中身体最弱的一个”，[3]但是到了二年级赛季的时候（2007—2008赛季），林书豪场均可以得到12.6分并入选了长春藤联盟第二阵容（All-Ivy League Second Team）。[2]到了他大三年级的2008—2009赛季，他成为美国大学联盟锦标赛（NCAA）第一级别联赛（Division I ）中唯一一位在得分（17.8），篮板球（5.5），助攻（4.3），抢断（2.4），盖帽（0.6），投篮命中率（0.502），罚球命中率（0.744），三分球命中率（0.400）均排名联盟前10位的男子篮球球员，[4]并且入选了常春藤联盟的第一阵容。在一场82-70战胜排名第17位的波士顿学院（Boston college）的比赛中，林书豪砍下27分，6个篮板以及8次助攻，而在三天前波士顿学院鹰队（Boston College Eagles）击败了排名第一位的北卡罗来纳大学。[2][5]. 　　在林书豪大学四年级赛季（2009—2010赛季）中，场均贡献16.4分，4.4个篮板，4.5次助攻，2.4次抢断以及1.1次盖帽，并再一次入选了常春藤联盟第一阵容。大学最后的第四年里，林书豪在对康乃狄克哈士奇队时，曾攻下了个人在大学比赛记录里最高的30分、并抓下9个篮板外带3助攻、3抢断及2盖帽，该比赛结束后的曾康乃狄克教练吉姆·卡尔霍恩（Jim Calhoun）表示著“林书豪具有对抗我所见过的任一大学球队的能力，他在球场上冷静的表现让他知道如何面对比赛”。当年林书豪以优秀表现再次入选常春藤盟校年度第一队成员，同时被列为表扬优异篮球选手的“约翰·伍登奖”、“鲍勃·科西奖”提名人选，并被邀请参加普兹茅斯邀请赛。ESPN篮球解说员法兰·法希纳也将林书豪列为最具才华的12名篮球员之一。 　　林书豪在哈佛校队的期间；累积了总得分1483分、487篮板、406助攻、225个抢断的成绩。当时的表现也被认为是仅次于约翰·沃尔的年度最佳控卫。而林书豪在哈佛最后则以3.1学级分毕业。