黑羽快斗：一次雷雨天作案,逃跑的途中,滑翔机被雷击中,身亡,这就是雨天放风筝的下场。
中森青子：在快斗死后悲观厌世，剃发修发当了尼姑。
江户川柯南：一次杀人案中柯南在搜索证据时被毛利小五郎揍到脑袋然后失去记忆永远的忘记了自己的身份,由于大脑经常受到小五郎的攻击呈现智力退化,后来进入孤儿院。步美还经常来看柯南。
阿笠博士：在一次研究药物的试验中爆炸身亡,使柯南的身份永远成迷。
灰原哀：在一次帮博士研究药物的试验中爆炸身亡（同上）无法再帮助柯南。
工藤夫妇：在去伊斯兰国家旅游的飞机上糟恐怖国家的导弹袭击下落不明（以上相关人员的不幸使柯南再也没办法知道自己是谁）
毛利小五郎：被发现死在自己家里,死因是麻醉药使用过度,脖子上发现了100以上的针眼大小的伤口,手段极其残忍,凶手至今成迷。
铃木园子：遭到因自己的推理抓到的犯人的报复,被杀害,看来好的头脑也会使自己遇到危险。
毛利兰：再也没有新一的消息,家人也糟不幸，苦等新一的兰进了修道院....
服部平次：练习空手入白刃时不幸失败成了植物人.. 服部的女友:当平次练习的时候陪在他身边,被练习失败误伤为终生残疾,永远陪伴在平次的病床旁..
以下是反面人物的结局：
琴酒：因为长年酗酒导致肝硬化去世。
伏特加：因为组织的标志,所以不肯换点凉快的衣服，穿着全身黑的衣服，在夏天活活热死。
黑暗组织BOSS：一直没有出镜,73不发他工资，被活活饿死....真惨。