纯小白发言：
pc 偏向mkv，格式本身支持度高， 不过移动设备分离器感觉跟不上，PC当然就没压力
另外mkv的封装工具的GUI我个人感觉写得不错。
移动设备 偏向MP4
我用 megui 带的 MP4box 似乎封装avc+aac 帧率 有问题
还有有人反应部分播放器 还不兼容， 所以我一般用ffmpeg封
MP4的字幕流要是支持ass/ssa 那就最好了 = =


“格式本身支持度高” 是指可封装的格式 - -
“另外mkv的封装工具的GUI我个人感觉写得不错 ”
一个 GUI 的编写情况 在推广上起很大的作用，比如 ERP→MEGUI， RV→AVC（中国大陆）
如果有说错的地方 希望大家指正 - -
PS 百度什么时候能出编辑帖子的功能就好了- -

小白只说一下一个比较烦心的缺点：
mkv无编码切割，会遗留不需要的部分。MP4、RM也会在切割同时生成临时文件，但会自动删掉。avi好像不会生成临时文件和多余文件，处理的时候硬盘占用比较少，读写也（可能）比较少
我也不知道mkv这样做有什么好处，切割原理本人纯属白纸一张。如果吧主知道，能否告知一下，好学习学习

MP4的一些缺陷暂时还能接受, 比如字幕只支持idx/sub,srt我觉得一般够用了, 特效字幕还是编码到视频里比较好, 毕竟特效不一定在所有的设备上都能正常显示, 不同的播放器可能播放效果也不同.
MP4的视频帧率问题还好, 如果用x264编码, 直接输出.mp4就可以了, 然后其它轨道都加在这个mp4上.

大家先分清格式本身的问题和工具的问题好吧。
4L说的遗留不需要部分的情况，用ffmpeg就不存在，这个只是mkvmerge的问题。记住mkvtoolnix并不是mkv的标准，这个与ass和vsfilter的关系不同。mkvtoolnix永远都是跟着mkv的标准走，而不会反过来影响mkv的标准制定。
说一下技术层面
MP4不仅支持的格式少，而且限制多，索引相对复杂，每一帧要有PTS和DTS。
MKV看起来就像是为PC设计的，很多东西都省了，而且很多内容可以压缩存储，比如字幕和header compression，overhead更小。
不过有一点不得不说，MKV对于视频和音频格式的支持都是靠模仿其他格式，比如对AVC和AAC的支持就是照抄的MP4，extra data的格式一模一样。对于没有专门支持的格式，只能以VFW和ACM的方式支持，和AVI一样，所以扩展性并不好。比如MS的VC1和WMA，就只是相当于把AVI扔到MKV里，所有的弊端都继承了。

目前无论是PC,移动设备,电视,网络, H.264和AAC的使用越来越广泛, 除了专利问题, 似乎找不到更有效率且成熟的编码了. 从这一点来看, MP4即使支持的编码少, 也没什么问题, 因为MP4天生就对AVC和AAC支持的很好, 更重要的是MP4在上述设备中都能很好地支持. 至于没有头和字幕压缩可以理解, 毕竟和视频数据相比只是零头, 虽然MP4的索引体积确实有点大了.
不过, MP4的章节格式据说没有确定下来, 而且还有很多细节问题需要我做些测试才能确定MP4对多音频,多字幕,章节的支持情况.

很多兼容性问题和DTS有关，所以索引简单可以减少bug出现的概率。

刚刚用mp4box给MP4添加了多音轨,多字幕,加章节, 然后在mplayer,potplayer,QQ影音这3个播放器里测试, 均可正常识别和切换.

MKV现在似乎依然不支持封装WMV吧。
另外目前非编是不直接支持MKV的，是因为MKV的封装格式太自由了么，支持起来难度大？
MP4倒是可以直接扔进会声会影或者vegas这一类非编软件来直接处理。

测试了一个典型的双语DVD视频编码封装, 包括1个h.264视频轨+2个aac音频轨+2个sub字幕轨+章节的封装, MKV体积是368M, MP4体积是372M
分别使用ZIP最快压缩, MKV和MP4都是368M, MP4略小.

我已经说了，MKV不等于mkvtoolnix。还有你见商业非编支持过免费格式么？或者说有什么摄像机或采集卡输出MKV的？

没看过这些封装格式标准的文档，只是听说mp4本身是很麻烦的格式，貌似问题也很多，之所以支持度很大，跟其商业性也脱不了关系
除了常知的mp4box(GPAC)、ffmpeg/libav(libavformat)，去年9月左右出现的l-smash（当时是附属于x264上，今年5月左右出现可单独封装的命令行程序）我觉得作为封装mp4的方式应该是最佳的——封装出来的mp4最小，而且出问题的情况也是最少的（这个有字幕组后期成员大量测试过；另我自己封装出来的视频也没发现有什么奇怪的问题），编译方面应该也要比GPAC和libav简单不少。只是比较新兴，功能方面还有很多不成熟的地方
由于我基本是用PC看视频，所以还是喜欢mkv大于mp4，
大家已经说过的优点我就不重复了
还有的原因就是我曾经不止一次出现过mp4播放有问题，但封装成mkv就没有问题的情况
我觉得推广mkv还是有其意义的

另外关于封装格式的版权，附一个简单讨论过的帖子：
bbs。emu-zone。org/viewthread。php?tid=755071&page=2#pid11727704

ogg/ogm虽然是无专利而且开放, 但确实软肋是除了PC就没有多少设备支持, 比ogg音频支持率还低. 何况ogg封装的一般也是开放的编码,如vorbis,theora.