在1939年，战争的阴云越来越浓重了。罗莎琳德的父亲主张她辍学参加国防工作。这时她哥哥戴维离开了已经学习了两年的牛津大学，参加了军队。但母亲和爱利斯姑妈认为罗莎琳德应该继续学业。最终父亲妥协了，同意继续资助罗莎琳德。这时的剑桥满是皇家空军的军人和疏散来的孩子，所有的店铺都排起了长队，学院里的灯泡上也都加上了黑灯罩。为了节省煤气，早餐的烤面包也取消了。罗莎琳德担当了在空袭时唤醒十名学生和发信号让全学院的人进入战壕的任务。但空袭一直没有来。由于对演习和虚假警报的烦恼，罗莎琳德甚至于与宿舍管理员发生了冲突。 

尽管战争在逼近，罗莎琳德还是有很多学业任务要完成。在这期间，她画了很多光学透镜的光路图，学习了热力学第一和第二定律，阅读了鲍林的《化学键本质》。她还了解到了蛋白质的折叠，烟草花叶病毒，和染色体中的核酸，并且注意到了许多与核酸有关的信息，如高分子量和碱基的堆垛周期。此外，她也接触到了不少X光晶体学的知识。这些都是与她未来职业密切相关的。 

战争驱使许多妇女加入到学术研究和工业领域。纽汉姆学院和吉尔顿学院的毕业生进入了几乎每一个政府机关。1940年是罗莎琳德在学院的第三年，也是最后一年。如果这时学院因为战争而关闭的话，她也已经有了足够的学分，可以从事战时的化学工作。她自己也梦想着在完成三年级后，能当一名化学家，但她父亲建议她做野外的农业工作。罗莎琳德拒绝了这一建议，因为她认为自己只适合进行科学研究。在这一年，罗莎琳德选择了弗雷德•戴因顿作为自己的导师，因为专业相近。但戴因顿由于没有时间，一开始不愿接受她。于是罗莎琳德在十月份时主动找上门去，因欣赏她的率直，戴因顿最后同意了。他后来发现罗莎琳德工作十分卖力，很少松懈，“对人和工作都有很高的要求，从不妥协地认真”。但在私下里，戴因顿告诉学院，他认为罗莎琳德不大可能在最后的学业考试中得第一。尽管她有第一流的头脑，也刻苦努力，但她过于执著于某一感兴趣的问题，很难放弃而转入下一问题。她很可能在考试中因为过于完美地回答了前面的问题，而导致没有时间做完后面的问题。这是一个非常准确的预言。由于紧张和重感冒，罗莎琳德在考试中表现很迟钝，错误地估计了时间，因而只完成了三道题中的两道，结果只得了第二。但她还是在戴因顿的支持下，获得了学院的奖学金和科学与工业研究部的研究基金。 

在剑桥的三年中，罗莎琳德受到了良好的专业教育。是大学让她离开了父母的荫庇，使她成长为具有政治和社会洞察力的成年人。但在剑桥，罗莎琳德没有学到如何处理与男性的关系，她从来没有接过吻，也不知道小孩子是如何生出来的。 

由于纽汉姆学院授予了罗莎琳德第四年的奖学金，因此她可以暂缓服役，继续呆在大学中。她的研究指导是诺里希教授，杰出的皇家学会戴维奖章获得者，光化学的开拓者，并且后来获得了诺贝尔奖。但这时的诺里希正处于一生中的逆境，实验室人员急剧减少，也没有合适的课题。为躲避空袭，妻子带着孪生女儿去了德文郡，只留下诺里希孤身一人呆在艾缪尔学院。因为时常借酒浇愁，喝得大醉，他被认为不适合于严肃的战时工作。这一时期的实验室低级职员经常沦为他发泄不满的出气筒，罗莎琳德也不幸成为其中之一。 

尽管罗莎琳德想进行那些能直接有利于击败希特勒的研究，如被击落的德国飞机上的汽油的光谱分析，但诺里希让她研究的是个微不足道的课题：甲酸与乙醛的聚合。在1942年初，罗莎琳德在研究中发现了诺里希的一个原理性错误，她在报告中解释了为何得不到诺里希所预想的结果，戴因顿也认为她的观点是正确的。但诺里希却拒绝阅读她的报告，也不让改变方法，只命令她继续重复实验，这导致了他们之间的摊牌。这一冲突显示了罗莎琳德的性格——对自己认为错误的东西决不妥协，坚持自己对科学真理的信仰。