顺治十八年（1661）二月，五十四岁时因“哭庙案”入狱，冠上“摇动人心倡乱，殊于国法”之罪，狱中有家书：“字付大儿看：咸菜与黄豆同吃，大有胡桃滋味，此法一传，我无遗憾矣。金圣叹绝笔。”同年七月十三日于金陵三山街头处斩，临刑遗言：“豆腐干与花生米同嚼，有火腿味。”，同案难友共有十八人；据说他的头落地时，耳里滚出纸团写着：“好快刀！”