花都区汉朝属番禺管辖，隋朝属南海县辖，宋朝以后分属番禺、南海县辖
花都区。清康熙二十四年四月丙辰（公元1685年5月29日）取南海、番禺两县部份区域置县，因县城近花山，定名“花县”，属广州府，太平天国领袖洪秀全就诞生在这里。民国时期，花县主要由省直辖。中华人民共和国成立后先后隶属江北专区、珠江专区、粤北行政区、佛山专区。1960年4月划为广州市属县。1993年6月18日，撤县设市，定名为县级“花都”市，由广东省政府委托广州市代管。2000年5月21日成为广州市花都区。