一切都开始于以为疯狂的科学家从2099年穿越时空回到了“现在”, 并且建立一家邪恶的公司,名为Alchemax。由此引发了一系列的连锁 反应,直接导致生活在“现在”的蜘蛛侠的死亡。蜘蛛侠2099逃过了 因为时间被改变而产生的影响(所以只有他注意到了现实的突然变化 ),然后和蜘蛛侠取得了联系,警告他即将到来的死亡。然而事实上 ,彼得·帕克在其所在的时间线里生活的很好,所以他根本就不相信 来自未来的蜘蛛侠崇拜者的话。然而,彼得还是潜入了Alchemax公司 去制止那位科学家的诡计,这里就是试玩版开始的地方。我们上一次见到蜘蛛侠是在前作《破碎维度》中,这位超级英雄又一次拯救了全世界。显然Noir和Ultimate Universes中的一切都很完美 的结束了,但是蜘蛛侠和2099还留下了一点问题需要解决。换句话说,蜘蛛侠看起来似乎是死了,而且时空也完全变得混乱了。