金琥珀将《山海经》的诸版本按年代，分为四个历史时期。
一、定型时期（禹时代——晋）。这个时期，是《山海经》成书、编定、注赞的时期，最终形成我们今天看到的《山海经》十八卷的模样，其后所有学者的校注研究，都不出其所编定的大范围和大框架。因此，金琥珀将这个时期，称为《山海经》的定型时期。
1、古本《山海经》，三十二篇，今佚。古本《山海经》，含有《山海经图》，其古本《山海经》的作者是什么人、成书年代是什么时候、《山海经》记载的是否真实、其记载的范围有多大、《山海经图》是什么模样，众说纷纭，立论不一，金琥珀在这里就不一一诉述。可以肯定的是，古本《山海经》成书于先秦时期，在《吕氏春秋》、《庄子》、《韩非子》等先秦古籍中，多有引用《山海经》的条目，而且还有汉代大儒董仲舒依靠《山海经》识重华鸟、智者东方朔依靠《山海经》识毕方鸟等记载。《山海经》的书名，最早出自西汉史学家司马迁的《史记•大宛列传》中有：“至《禹本纪》、《山海经》所有怪物，余不敢言也”（一种说法是，司马迁的《史记•大宛列传》原本中只提到是《山经》，而不是《山海经》）。根据刘秀的《山海经表》里说：“所校《山海经》凡三十二篇，今定为一十八篇”。金琥珀就臆断先秦和西汉学者所读的《山海经》是古本《山海经》，有三十二篇，而且古本《山海经》杂乱无序，各成篇目，名称不一，增删各异。至于《山海经图》，则在刘向、刘秀编定之前，已经失传，不然在《海内经》四篇和《海外经》四篇中，不会有这么多“一曰”之词，只要直接核对一下《山海经图》即可知具体方位，何必有“一曰”之词。


4、郭璞的《山海经传》，二十二篇，今佚。郭璞，东晋训诂学家，河东闻喜人（今山西运城），郭璞死时只有四十八岁，却注释了《山海经》、《穆天子传》、《周易》、《尔雅》、《辞海》、《楚辞》等大量先秦古籍，而且善写《游仙诗》，在道学、易学研究上都有很高的造诣，在《搜神记》上有他撒豆成兵的记载。郭璞著有的《山海经传》（含注，十八卷）、《山海经图象赞》（二卷）、《山海经音》（二卷），共二十二卷。郭璞还在《山海经传》前作序，中有“世之所谓异，未知其所以异，世之所谓不异，未知其所以不异。何者？物不自异，待我而后异，异果在我，非物异也”，金琥珀认为，这是所有喜欢《山海经》的朋友们，看待其中之异物异人、异兽异木的一种积极的心态。后人把《山海经传》十八卷与《山海经音》二卷合并，归为《山海经传》，十八卷，成为后世诸本《山海经》的祖本，而之前诸多版本的《山海经》，特别是古本《山海经》，逐渐消失在历史的长河之中。郭璞的《山海经传》注重音注和释义，而且十分有学者风度，知道就知道，不知道的就云“不详”，而不妄下结论，误导后人。因郭璞是最早的注释者，所以其所注的参考价值很高。郭璞的《山海经图像赞》，金琥珀认为一是来源于古时的《畏兽图》，二是来源于郭璞的自画图，而不是《山海经图》，不管金琥珀推论准确与否，如今只有《图赞》留存，而图失佚。


这个时期，陶渊明撰有《读山海经》，诗十三首，诗中有“精卫衔微木，将以填沧海。刑天舞干戚，猛志固常在”的精彩诗句”。东晋张骏撰《山海经图画赞》，一卷，这一版本加上郭璞三个版本二十二卷，故在《隋书•经籍志》中有《山海经》二十三卷的说法。
二、传承时期（南北朝——元）。这个时期，学者们一是重绘山海图；二是充分利用活字印刷技术的发展，出现了刻本《山海经》。《山海经》终于开始揭开神秘的面纱，由生涩的文字演化成彩绘的图画，由官宦道教典藏走向寻常读书人家。美中不足的是，这个时期没有遗留下更多学者注释、解义、考据的新篇，只是在前人编定注释的基础上，起到传承其文字内容的作用。因此，金琥珀将这个时期称为《山海经》的传承时期。
1、张僧鹞绘《山海经图》，十卷，今佚。张僧鹞，南朝梁国画家，吴中人（今江苏吴中），善画佛像、龙、鹰等兽，有“画龙点睛”的传说。在《中兴书目》中说，张僧鹞绘有《山海经图》，十卷。
2、舒雅绘《山海经图》，十卷。舒雅，南唐末北宋初诗人，歙县人（今安徽黄山），南唐保大八年（950年）状元，南唐被灭后，降宋为官，奉旨校编古籍，善吟诗作画，有状元诗人的美称。咸平二年（999年），舒雅重绘《山海经图》，十卷，有图二百四十七幅，今存一百五十一幅（张步天《山海经研究史初论》中记载）。
3、尤袤校《山海经》，三册十八卷，池阳郡斋刻本，简称池州本。尤袤，南宋诗人（与陆游、杨万里、范成大齐名，共称南宋四大诗人），无锡人（今江苏无锡），家有藏书三万多卷，可惜的是在一次火灾中全被焚毁，唯一值得庆幸的是，由他校勘《山海经》，三册十八卷，池阳郡斋刻本，保留下来。该刻本刻于南宋孝宗淳熙七年（1180年），每半页十行，行二是一字，注双行，前载郭璞《山海经序》，并有尤袤著的《山海经传•跋》。池州本《山海经》是目前所能见到最古的《山海经》版本，现存于国家图书馆。
4、曹善手抄《山海经》，十八卷。曹善，元代书法家，云间人（今上海松江），楷书和行草都有不错的造诣。元至正二十五年（1365年），曹善手抄《山海经》十八卷，四册，含图赞三百零三赞，其中图赞收藏于故宫博物馆。该版本用小楷所书，“字距密而行距疏，古朴中而有生气”，是现今已知的早期抄本之一。


这个时期，在尤袤著《山海经传•跋》中记载着，京都旧印本《山海经》三卷；道藏本《山海经》十八卷；刘歆所定书《山海经》十八卷，简书形式：在尤袤的《遂初堂书目》中记载着秘阁本《山海经》（有学者认为是此版本是刘歆所定书《山海经》十八卷；杨绍著《楹书隅录•卷三》中有溪山道人田紫芝，于元癸巳年（1293年）刻印《山海经》的记载，这个版本被称为田紫芝本《山海经》；郭鎜著《明太学经籍志》中有元监本《山海经》的记载；《天禄琳琅书目•卷五》中有元刻本《山海经》的记载；尤袤著《山海经传•跋》中有“自绍兴辛未（1151年）至今三十年，所见无虑十数本”，可见池州本《山海经》之前，已经有十几中版本的《山海经》，可惜的是，这些版本和上述几个金琥珀介绍的《山海经》版本，都已经失佚。在这个时间，郦道元著《水经注》、徐坚撰《初学记》、虞世南辑《北堂书抄》、欧阳询等编《艺文类聚》、李昉等辑《太平御览》、《太平广记》等典籍中都有《山海经》的征辑条目；而《隋书•经籍志》、《隋志》、《旧唐志》、《新唐志》、《崇文总目》、《中兴书目》中都有关于《山海经》分类或篇目的记载。这个时期，还有北宋建筑师李诚，管城人（今河南郑州），著有《续山海经》，十卷，失佚，其条目多见于《太平广记》等古代典籍中。
三、繁荣时期（明——清）。这个时期，明清两代王朝皇室也十分重视古籍的整理校勘，其中也包括《山海经》，此外，这个时期出现一批学者大儒或考据、或注释、或校勘、或绘图《山海经》，使《山海经》的诸多版本更符合明清的时代特性，从而真正意义上的使《山海经》一书走进民间。因此，金琥珀将这个时期，称为《山海经》的繁荣时期。


7、胡文焕编《山海经图》。胡文焕，明代刻书人，钱塘人（今浙江杭州），一生以刻书为己任，所刻《格致丛书》数百种。明万历二十一年（1593年），胡文焕编，格致丛书本的《山海经图》刊行，全本共一百三十三幅图，其中有二十三图的神怪异兽未见于《山海经》。该版本的山海经图采用一神一图的格局，图无背景，左说右图，采用说图并举的叙述方式，美中不足的是其编排的顺序即无神兽的分类。也与《山海经》经文不相配。此外，明万历三十一年（1603年），胡文焕还编有《百家名书》本的《山海经》。
8、蒋应镐绘《山海经（图绘全像）》，十八卷。蒋应镐，明代画家，广陵人（今江苏扬州）。明万历二十五年（1597年），蒋应镐与武临父绘图，李文孝镌，《山海经（图绘全像）》，十八卷，聚锦堂刊本。全本共七十四幅图，左右两页连成一图。该版本采用用图像讲故事的方式，一图多像，画以神袛鸟兽为中心，以山川树木为背景。在明代，日本刊本《山海经》，十八卷，四册。该版本含图七十四幅，是蒋应镐绘图本的摹刻本，全书还附有供日文读者阅读的汉文训读。
9、吴琯校《山海经》。吴琯，明代官吏，福建云霄人，明隆庆五年(1571年)进士，后人称他“其人则一时巨公，其文则千载鸿笔。入史则可补其缺，出正史则可拾其遗”。万历十三年（1585年），吴琯刻《水经》、《山海经》合刻本。此外，吴琯著的《古今逸史》中也收集了《山海经》，后人称其版本为《古今逸史》本《山海经》。清代《山海经》刻本，多出于吴琯的校刻版本。如清康熙七年（1668年）汪士汉《秘书二十一种》本中收录的《山海经》，就是利用《古今逸史》本《山海经》旧版重编印成；康熙五十三年（1714年）项絪群玉堂《水经》、《山海经》合刻本，则根据吴琯的校刻版本重刻；乾隆十八年（1753年）黄晟槐荫草堂《水经》、《山海经》合刻本，则是项絪群玉堂本的翻本；光绪元年（1875年），崇文书局《子书百家》中收录的《山海经》，则是出于项絪群玉堂本。清惠栋、卢文弨、黄丕烈、绍恩多均校正吴琯的校刻版本《山海经》，孙星衍、何焯均校正项絪群玉堂本《山海经》。
10、吴任臣著《山海经广注》。吴任臣，清代学者兼藏书家，仁和人（今浙江杭州），康熙十八年（1679年）举博学鸿词科，授检讨。吴任臣为人好精乐律和奇壬之书，为顾炎武所推重。，清康熙五年（1666年），吴任臣注的《山海经广注》初印，含自序、《山海经语》、《山海经广注目录》、《山海经杂述》；清康熙六年（1667年）有重印本和官刻本，其中官刻本附图全五卷；清乾隆五十一年，有金阊书业堂刻本，吴任臣注的《山海经广注》，增补《山海经图》，共五卷，有图一百四十四幅，称为《增补绘像山海经广注》；乾隆五十一年（1786年），佛山舍人后街近文堂藏版，吴任臣的《增补绘像山海经广注》，同样是含图共五卷，一百四十四幅图；咸丰五年（1855年），吴任臣注的《山海经绘图广注》，成或因绘图，四川顺庆海清楼版，同样是有图五卷，共一百四十四幅图；此外，吴任臣的《山海经广注》还被收入《四库全书》中。吴任臣的《山海经广注》，引书目530余条，于名物训诂、山川道里，皆有所订正，在《山海经杂述》中列逸文三十四条，这是郭璞注《山海经》后，现知的第一次认真的《山海经》辑佚工作，对后人的研究探讨，都有着重要的启示。吴仁臣的《增补绘像山海经广注》中的图本，按神、兽、鸟、虫、异域分类，一神一图，无背景，线条粗糙，但注重眼睛的描绘，给人以粗中有细的感受；而成或因绘图的《山海经绘图广注》，采用吴任臣的注释，绘图则有成或因完成，采用有山川背景，一图多像的绘画方法，图中人物有明显的世俗化、宗教化和连环画化的倾向。
11、《四库全书》收录的《山海经》。《四库全书》是清乾隆皇帝亲自组织的中国历史上一部规模最大的丛书。《四库全书》由纪昀为总纂官，全书为手抄本，自1772年始，历经十年编成，该书分“子、史、经、集”四库，共收录古籍3503种、79337卷、装订成三万六千余册，分抄七部藏于七阁。镇江金山行宫文宗阁所藏《四库全书》和扬州天宁寺行宫文汇阁所藏《四库全书》，在太平天国攻克江浙时，被太平军焚毁；北京近郊圆明园文源阁所藏的《四库全书》，在咸丰十年（1860年）英法联军入侵北京时，被焚毁；杭州圣因寺行宫文澜阁所藏的《四库全书》，在咸丰十一年（1861年）太平天国二次攻下杭州时散逸，杭州藏书家丁申丁丙兄弟收集、整理、补抄，保留下半部，现藏于浙江省图书馆；沈阳故宫文溯阁所藏的《四库全书》，现存于甘肃省图书馆；承德避暑山庄文津阁所藏的《四库全书》，现存于国家图书馆；北京故宫文华殿后文渊阁所藏的《四库全书》，现存于台北故宫博物馆。《四库全书》中收录了郭璞《山海经》含注和吴任臣著《山海经广注》，又将《山海经释义》列入《四库全书总目》中。《山海经》在《四库全书》的编者看来：“书中序述山水，多参以神怪，故《道藏》收入太元部兢字号中。究其本旨，实非黄老之言。然道里山川，卒难考据，案以耳目所及，百不一真。

诸家并以为地理书之首，亦为未允。核实定名，实则小说之最古者尔”，因此在《四库全书》中，将《山海经》列为子部小说家类。《四库全书》编校抄写有明确的赏罚，抄写者均是当时名家，故收录其中的《山海经》版本是诸多《山海经》版本中不可多得版本之一。
12、《四库全书荟要》收录的《山海经》。《四库全书荟要》是乾隆皇帝下诏在《四库全书》中“撷其菁华，缮为荟要”，仅供皇帝阅览。《四库全书荟要》为手抄本，共两部，一部存于坤宁宫后御花园的摛藻堂，现存于台湾；一部存于长春园味腴书屋，咸丰十年在英法联军攻陷北京，焚毁圆明园时被烧为灰烬。《四库全书荟要》与《四库全书》相比，书品精美，质量上乘；选编慎重，卷帙精约；内容真实，少经删纂；校勘翔实，版本珍贵，全书收463种图书，总计20288卷，11178册。郭璞注的《山海经》收入其中，与《四库全书》不同的是，在《四库全书荟要》中收录的山海经被列为史部•卷七千五百九十四至卷七千六百十一，而非列入子部。
13、汪绂绘注《山海经存》，有图九卷。汪绂，清代名儒，安徽婺源人，一生未经仕途。汪绂喜爱博览群书，博综儒经，一生著述颇富，汪绂少年时因家贫，曾佣于江西景德镇画碗，他所绘山水、人物、花鸟，精细适异聚工，惜无款识，人罕知之。清光绪二十一年（1895年），有汪绂绘注《山海经存》，立雪斋版本，有图九卷，绘制神与兽四百二十六例，采用一图一像或一图多像的插图式格局，穿插于十八卷经文中，其第六、七卷的图注缺失，由余家鼎、查美珂补绘。汪绂绘注《山海经存》，除了有插图外，还删去大量的郭璞注释，而汪绂的注释，多简明，少繁杂。


14、毕沅著《山海经新校正》，十八卷。毕沅，清代经史学家，镇洋人（今江苏太仓），乾隆二十五年（1760年）进士，廷试第一，状元及第，官至湖广总督，赏轻车都尉世袭，毕沅博学多才，潜心研攻经史，著名学者章学诚，孙星衍、洪亮吉、汪中、段玉裁等都是他的门下。清乾隆四十六年（1781年）灵岩山馆刻《经训堂从本》本，十八卷，弟子孙星衍校，卷首载自序、次郭璞序、次《山海经目》、次《山海经古今本篇目考》、次刘秀《表》，书末有孙星衍《山海经新校正后序》。毕沅著《山海经新校正》从篇目、文字、山名水道的考证入手，提出作者对于古今本《山海经》篇数矛盾等问题，毕沅的《山海经新校正》采用活校，直接改正底本讹字，便于阅读。毕沅著《山海经新校正》版本很多，除了灵岩山馆刻《经训堂从本》本外，还有乾隆四十八年（1783年）、乾隆五十八年（1793年）重印本和重刻本；光绪三年（1877年）浙江书局《二十二子》本；光绪十三年（1887年）上海同文书局石印本；光绪十六年（1890年）学库山房校刊本；光绪二十三年（1897年）图书集成局铅印本；日本明治三十五年（1902年）刻本；卢文弨、杨希闵也对《山海经新校正》进行过校刊。其中光绪十六年（1890年）学库山房校刊本《山海经》，仿毕（沅）氏图注原本校刊，图注的《山海经新校正》，四册，图一册，全本图一百四十四幅，按神、兽、鸟、虫、异域分类，无背景，图上有神名、释名和郭璞的《山海经图赞》。

15、郝懿行著《山海经笺疏》，十八卷。郝懿行，清代经学家，山东栖霞人，清嘉庆年间进士，官户部主事，郝懿行一生治学，著作甚丰，而且妻王照园，与其爱好相同，故有“栖霞郝夫妇”之美称。清嘉庆九年（1804年）仪征阮氏琅嬛仙馆刻本《山海经签疏》，十八卷，卷首自序、次刘秀《表》、次郭璞序、次《山海经目录》、书后附《山海经图赞》一卷（据《正统道藏》本辑补）、《山海经订伪》一卷（附逸文），郝懿行著的《山海经笺疏》采用死校，注经不敢改字。郝懿行所著的《山海经笺疏》在前人的基础上，广征博引，正名辨物，刊正疏谬，进一步从音韵训诂方面作了不少补正，他的补正超过了当代吴任臣的《山海经广注》和毕沅的《山海经新校正》等书，被称为“实事求是之学”。阮元评价说：“吴氏广注，征引虽博，失之芜杂。毕沅校本，订正文字，尚多疏略。惟懿行精而不凿，博而不滥。”。张之洞在他指导治学门径的《书目答问》一书中，举《山海经》读本，也首列《山海经笺疏》，次列《山海经新校正》，并特别指出：“郝胜于毕。”此外，郝懿行著《山海经笺疏》还有嘉庆十四年（1809年）重印本、《郝氏遗书》本；光绪七年（1881年）东路厅刻本；光绪十二年（1886年）上海还读楼重刻本；光绪十八年（1892年）五彩公司三次的石印本的郝懿行著《山海经笺疏》，含图五卷，共一百四十四幅图，其特点为红绿套色印刷。


16、王念孙校《山海经》。王念孙，清朝徽派朴学的嫡系真传大师，江苏高邮人，乾隆四十年（1775年）进士，为人好古精审，与钱大昕、卢文弨、邵晋涵、刘台拱有“五君子”之称誉。王念孙曾校注康熙五十三年（1714年）项絪群玉堂《水经》、《山海经》合刻本，内含王念孙的注释。
除了上述金琥珀叙述的诸多明清版本外，还有明代以宋代池州本《山海经》仿刻的明初黑口本《山海经》；在明万历年间有仁和张易本《山海经》；在明嘉靖间周弘祖《古今书刻》所录，明代还有大名府本、徽州府本、吉安府本、建宁府书坊本，四种版本的《山海经》，但是都已失佚；在吴任臣《山海经杂述》曾有刘会孟的《评山海经》十八卷，今失佚；清抄本，见于记载的有“钱曾述古堂抄本、孙从添上善堂藏传是楼抄本，可惜这两个版本也均失佚。在研究《山海经》的著作中，有清道光时期俞樾（著名学者，章太炎的老师）著的《读山海经》一书，清末吴承志著的《山海经地理今释》六卷；在绘图本《山海经》中，明清版画家萧从云的《离骚图》中，也采用了《山海经》的形象入画，并在《离骚图经序》中，多次提到山海经图；清雍正四至六年（1726年—1728年）初印，由陈梦雷编《古今图书集成》中，将山海经鸟兽鱼虫和远方异国异人，绘成图像，采用一图一说的编排格局，收录在《禽虫典》和《神异典》中。