一 显性假说
基本观点：杂种优势是由于双亲的有利显性基因全部聚集在杂种中所引起的互补作用的结果。杂交亲本的有利性状大都由显性基因控制，不利性状大都由隐性基因控制，通过杂交，使双亲的显性基因全部聚集在杂种里。
优点：获得了双亲节多和节长的有利显性基因，节多且长。
缺点：只考虑显性作用，且许多数量性状只有累加效应而无显性作用。
二 超显性假说
杂种优势是由于双亲基因型的异质结合引起的等位基因间的相互作用的结果。
杂合等位基因相互作用大于纯合等位基因的作用。
三 染色体组——胞质基因互作模式
由Srivatava（1981）提出：基因组间互补可能包括细胞核与叶绿体、线粒体体基因组的互作与互补，杂种优势就是由这些互作互补所致。