对于吏治,可以说多尔衮是加意整饬的。明代胥吏之弊遗留入清,他曾批示:“衙役害民,从来积弊。..如果有巨奸,即加重治,严禁重蹈明朝故辙。”如,发现吏部中有四名小吏,为害甚多,他批示道:“三法司严审追拟,毋得徇纵。”府、州、县守一级,贪劣者亦不乏其人。如牛金星之子牛铨,降清后任黄州知府,他在任上贪污受贿,被人举劾。多尔衮批道:“牛铨著革了职,并本内有名人员,该督抚按提问具奏,该部知道。”最贪酷的大员当属福建巡按周世科,其为非作歹,令人发指。被人参劾之后,多尔衮批示革职,并令督抚按审问定罪,最后将其就地斩首。此外,他还十分重视传统的京察大计,对各级官员严格考核。顺治七年正月,大计全国官员,对谢允复等八百一十六名官员分别加以革职、降调、致仕。
