缺点也是有的，敌人设计让人失望，这是对格兰蒂亚式“可爱”敌人的多余致敬。敌人应该要有威慑力，与一群脑残植物或可爱的熊猫战斗真的让人湿不起来。同时，虽然习惯战斗系统需要一定时间，但游戏很快就变得过于简单了。
故事很好，但感觉还是没有到达第一代的神韵。令人深思的是，我发现仙剑的1代（甚至2代）的故事相对来说更为黑暗。这表明仙剑三很大程度上受到了日式RPG的影响，不管是在视觉表现上还是故事的叙述上）。虽然这一点本身不是什么坏事儿，但我还是觉得前两作的纯粹的中国风更让人印象深刻。
元素宝箱的想法很好，但游戏到后面这些宝箱给的东西都太垃圾了！这让玩家没动力在地城里到处找它们。同时，虽然比起前两作来说仙剑3不那么线性了...但依然很线性！只有在地下城里探索才有意义，世界地图功能只不过让你在一堆图标里选择要去的地方而已。
总结：虽然从叙事方式和表现来说仙3缺少了前两作的原创精神，但在游戏性上比起前两作高明了不少。在这之外仙三还是很有自己的想法的，这个游戏完全不用在同时的日本主流RPG面前妄自菲薄。