海豹特种部队的起源可追溯至二战时期的侦察与突击部队(S&R)和海军战斗爆破队(NCDUs)。第一批侦察与突击部队的训练课程于1942年5月的佛罗里达州展开,最初目的是能够建立一支利用小型船只渗透敌区以汇集情报的特种部队。参与训练的单位来自陆军和海军,他们花3个月的时间进行侦察与爆破的严格训练。二次大战期间该部队在欧洲与太平洋战区完成多次渗透与潜入的任务。侦察与突击部队于战争结束时解散,但是其作战技巧成为今日海豹特种部队战斗准则的基础。
海军战斗爆破队成立于1943年6月6日,它可以说是美国海军蛙人的始祖。当初成立目的是能够建立一 支两栖登陆的先遣部队,对敌岸滩头进行扫雷与破坏防御工事,以便后续的主力部队能够顺利登陆。初期人才的甄选与训练方式均由Kauffman将军负责策划,兵源多来自海军的工程与建筑部门,训练内容包括炸弹的拆解,爆破,两栖侦察与著名的“地狱周”耐力训练。今日海豹队的训练课程就是由当时所制定,因此海军尊称当年负责策划的Kauffman将军为“水中爆破队之父”。