先声明我是本着治愈结局的宗旨写的解释，执意黑化结局者请绕道，能容纳不同观点者欢迎
本解释无科学性、无理论依据、无参考书目、全凭想象，如有雷同，算我抄你。
好的，开始
关于结局的解释：
1、小圆用自己的力量创造了新的宇宙
2、新的能量获取规则是QB类生物以消化诅咒怨恨等获取能量
3、魔法少女们依旧会因为消耗魔力而使宝石受到诅咒，但是可以让QB净化而恢复魔力。但是如果她们执意不去净化，会因诅咒达到一定量而消失。
4、魔女的来源是人类的阴暗面，而不再是魔法少女。
所以，最终的状态是：世界按照没有小圆存在的秩序建立，魔法少女可以无限制战斗下去而为QB众提供能量，因此也能亲近QB众，而魔法少女本身也不再因其本身而增加魔女数量，反而能有效的抑制魔女也就是人类的阴暗，小圆一直在她的维度注视着她创造的这个宇宙。
至此，对于结局的解释完毕。有疑问者可以查看下面关于理论的解释，无疑问者选择性无视。
关于理论的解释：
喵了个咪的，一扯到时间，我就知道争论会无数，虽然无数次想说服别人，但是无奈总会有更加完备的理论出现。
嘛，我就说下我的见解吧。
1、魔法少女小圆这剧本本身是建立在“时间旅行不能改变因果”的前提下的。
2、“时间旅行不能改变因果”是目前某个关于时间理论的一种观点，关于这个理论，我也只了解个大概，举个例子就是说：比如你想回到过去杀掉你的祖父来阻止你自己的出生，但实际上你不可能做到这一点。你总会由于某种原因而无法杀掉你的祖父，比如你找不到他，或者杀的其实是别人，又或者是你以为杀了他其实没杀死等等。
有人就要说了，黑长直的穿越不就是改变因果的最好例子么？
恩恩，黑长直的穿越确实多次改变了小圆的命运，但是这真的是改变了因果么？
我的解释是：小圆拯救世界这一结果是本身就注定的。黑长直做的恰恰是为了这个结果。
小圆为什么能创造新的宇宙，依照剧情解释是因为黑长直的数次穿越为小圆积聚了大量因果，如果没有黑长直的行为，小圆不可能能拯救世界。当黑长直穿越以后，小圆就和她不是一个时间轴上的人了，但之所以最后黑长直能记得小圆是由于她是为了小圆而穿越这一缘故，小圆和她之间有了因果，小圆回到了这个时间轴，只不过是作为类似上帝形态的存在，所以最后黑长直能记得小圆。其实最初黑长直许的愿望也就是保护小圆不让她死，从结局看来这个愿望是实现了的，小圆没有死，只不过这个时间轴上的人看不到也听不到她，但她依旧在这个时间轴上，而且不是所谓的死的状态。
所以说，治愈的结局是一开始就确定了的。
说完了，有种轻松的感觉，来人摧毁我的世界观吧，我会为治愈战斗到最后。
顺便吐槽下：这许愿什么的完全就是BUG。没有限制的愿望么?好的,我的愿望是：再来10000个愿望。。。
类似这种愿望的存在会使这个设定变得索然无味，但要是说是按照魔法少女内心的希望值什么的来实现愿望的话，这就随老虚怎么写了，这就有点没意思了。